Webový nástroj pro rychlou genotypizaci bakteriálních kmenů
Loading...
Date
Authors
Kaňoková, Martina
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato práce se zabývá tvorbou algoritmu pro detekci zvolených genů rezistence a virulence. První část představuje genotypizační metody, zmiňuje jejich využití spolu s výhodami a nevýhodami. V další části jsou představeny některé z bioinformatických nástrojů, které lze pro genotypizaci použít. Praktická část pak tyto nástroje využívá. Dále je v praktické části představena vlastní webová aplikace umožňující určení sekvenčního typu spolu s detekcí genů virulence a rezistence v bakteriálním genomu.
This thesis is focused on creating algorithm for detection of chosen resistance and viru- lence genes. First part introduces genotyping methods and mentions their use, pros and cons. In the next part, some of bioinformatics tools that can be used for genotyping are presented. The practical part then uses these tools. Practical part is also focused on creating new web application capable of detecting virulence and resistance genes in bacteria as well as determining the sequence type.
This thesis is focused on creating algorithm for detection of chosen resistance and viru- lence genes. First part introduces genotyping methods and mentions their use, pros and cons. In the next part, some of bioinformatics tools that can be used for genotyping are presented. The practical part then uses these tools. Practical part is also focused on creating new web application capable of detecting virulence and resistance genes in bacteria as well as determining the sequence type.
Description
Citation
KAŇOKOVÁ, M. Webový nástroj pro rychlou genotypizaci bakteriálních kmenů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
prof. MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (předseda)
Ing. Markéta Jakubíčková, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Radovan Smíšek, Ph.D. (člen)
doc. Mgr. Zdenka Fohlerová, Ph.D. (člen)
Ing. Martin Králík (člen)
Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2024-06-11
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Dr. Nykrýnová se zeptala na případ kdy je ve FASTA souboru více sekvencí. Dodá nástroj informaci o pozici alely (plasmid, chromosom)? Ing. Králík se dotázal na momentální stav webové aplikace, kde aplikace běží?
Studentka obhájila bakalářskou práci
a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení