Webový nástroj pro rychlou genotypizaci bakteriálních kmenů

Abstract

Tato práce se zabývá tvorbou algoritmu pro detekci zvolených genů rezistence a virulence. První část představuje genotypizační metody, zmiňuje jejich využití spolu s výhodami a nevýhodami. V další části jsou představeny některé z bioinformatických nástrojů, které lze pro genotypizaci použít. Praktická část pak tyto nástroje využívá. Dále je v praktické části představena vlastní webová aplikace umožňující určení sekvenčního typu spolu s detekcí genů virulence a rezistence v bakteriálním genomu.This thesis is focused on creating algorithm for detection of chosen resistance and viru- lence genes. First part introduces genotyping methods and mentions their use, pros and cons. In the next part, some of bioinformatics tools that can be used for genotyping are presented. The practical part then uses these tools. Practical part is also focused on creating new web application capable of detecting virulence and resistance genes in bacteria as well as determining the sequence type.