KAŇOKOVÁ, M. Webový nástroj pro rychlou genotypizaci bakteriálních kmenů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Studentka Martina Kaňoková se ve své bakalářské práci zaměřila na tvorbu webového nástroje pro bakteriální typizaci pro klinické účely. Teoretická část práce je na přiměřené úrovni, podložená 28 kvalitními zahraničními referencemi. V praktické části práce spojila několik standardně používaných nástrojů pro určení sekvenčního typu a vyhledání genů rezistence a virulence, včetně predikce rezistence vůči antibiotikům. Vše zabalila do přehledného webového rozhraní a vyhodnotila kompletní bakteriální report doplněný o názorné grafické vyhodnocení formou dendrogramů a heatmap. Nástroj otestovala jak na databázových genomech, tak na klinických datech poskytnutých z FN Brno. Výsledky obou datasetů řádně vyhodnotila a srovnala s veřejně dostupnými nástroji. Ukázka výsledných reportů a diskuze výsledků by však mohla být podrobnější, např. chybí vyhodnocení obsahu genů rezistence a virulence u stejných sekvenčních typů. V odborné stránce práce bych zároveň vytkla výskyt těžko pochopitelných formulací a mírně nekonzistentní popis nástroje, např. použitá metoda pro vykreslení dendrogramu a distanční metrika je uvedena až v diskuzi výsledků. Přes uvedené nedostatky hodnotím práci jako velmi dobrou, studentka byla při jejím řešení přiměřeně aktivní, samostatná a své postupy pravidelně konzultovala.
Předložená bakalářská práce se zabývá tvorbou webového nástroje pro bakteriální typizaci. Rozsah práce od úvodu po závěr je 33 stran a citováno je 28 zdrojů. Teoretická část práce poskytuje dostatečný úvod do dané problematiky. Praktická část obsahuje návrh a implementaci webového nástroje, do kterého studentka zakomponovala několik volně dostupných nástrojů. Popis jednotlivých analýz, které probíhají na serverové části, by si zasloužil doplnění a objasnění (kap. 4.1.1 – jak byl vypočítán dendrogram, co značí barvy v heatmapě, kap 4.1.3 – proč se určuje alela genu, když se do výsledného csv souboru neukládá a další). U zobrazení výsledků mi chybí ukázka kompletního bakteriálního reportu, který má nástroj generovat (mohl být součástí příloh). Nástroj zobrazuje heatmapu pro přítomnost/absenci genů virulence u analyzovaných bakteriálních kmenů, nevím tedy, proč podobnou heatmapu nástroj negeneruje i pro geny rezistence. Limitace nástroje by měly být lépe vysvětleny. Po formální stránce je práce na průměrné úrovni; některé věty a souvětí jsou psány neobratně a ztěžují čtenáři pochopení textu. Rodové jméno bakterie se po prvním výskytu píše zkráceně. Obrázky by mohly mít lepší kvalitu, seznam výpisů bez jediné položky je zbytečný. Zkratky mají být řazeny abecedně. Práce představuje uživatelsky přívětivý nástroj pro základní charakteristiku bakterií, který by mohl zjednodušit práci mikrobiologickým laboratořím. Nicméně před zavedení do praxe by bylo nutné doladit některé části. Práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji stupněm C/73 bodů.
eVSKP id 159697