Typizace bakteriálních populací na základě detekce metylačních míst

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (předseda) Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (místopředseda) Ing. Kateřina Šabatová (člen) Mgr. Bc. Darina Čejková, Ph.D. (člen) Ing. Martin Mézl, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Kolářová se zeptala jestli má epigenetické pole obsahovat ještě další látky? Mgr. Čejková se zeptala na epigenetiku. Jak si vysvětlujete vhodnost epigenetiky pro metylaci? Ing. Jakubíček se doptal k otázce dva, proč jste použila nástroj určený pro detekci lidských sekvencí a ne nástroj pro bakterie? Proč jste použila tento nástroj a ne jiný vhodný k dostupným datům? Proč jste neupravila dostupný signál? Zkoušela jste i jiný nástroj? Co nebylo kompatibilní? Ing. Jurečková se zeptala jestli existuje nějaký nástroj přímo pro bakterie? Doc. Kolářová se doptala jestli chyba byla v načtení dat. Doc. Kolářová jestli DeepSignal byl nápad od vedoucí? Ing. Jurečková se zeptala, co jsou vstupní data a co je hodnoceno? Co reprezentují modré tečky v obrázku v prezentaci? Studentka obhájila bakalářskou práci s výhradami a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykangličtina (English)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorVítková, Helenaen
dc.contributor.authorHlavatá, Kristínaen
dc.contributor.refereeSedlář, Karelen
dc.date.created2023cs
dc.description.abstractTáto bakalárska práca sa zameriava na detekciu metylácií DNA a vývoj metodiky typizácie bakteriálnych kmeňov. DNA metylácie hrajú kľúčovú úlohu ako regulačný mechanizmus v genóme, ktorý ovplyvňuje konečné vlastnosti organizmov. Použili sme DeepSignal2 na detekciu metylačných vzorov v 10 kmeňoch Klebsielly pneumoniae. Okrem toho sme navrhli metódu typizácie na základe identifikovaných metylácií pre kategorizáciu bakteriálnych kmeňov. Táto práca prispieva k zlepšeniu našeho chápania regulačných mechanizmov v bakteriálnych genómoch a predstavuje nový prístup k typizácii kmeňov pomocou vzorov metylácie DNA. Poskytuje cenné poznatky o charakterizácii a klasifikácii bakteriálnych kmeňov na základe ich metylómov.en
dc.description.abstractThis bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes.cs
dc.description.markEcs
dc.identifier.citationHLAVATÁ, K. Typizace bakteriálních populací na základě detekce metylačních míst [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.cs
dc.identifier.other153827cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/213847
dc.language.isoencs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectmetyláciaen
dc.subjectDNAen
dc.subjectgenómen
dc.subjectsekvenovanieen
dc.subjectdetekciaen
dc.subjectskladanie genómuen
dc.subjectmethylationcs
dc.subjectDNAcs
dc.subjectgenomecs
dc.subjectsequencingcs
dc.subjectdetectioncs
dc.subjectgenome assemblycs
dc.titleTypizace bakteriálních populací na základě detekce metylačních místen
dc.title.alternativeTyping of bacterial populations based on methylation site detectioncs
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2023-08-31cs
dcterms.modified2023-09-04-08:38:21cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid153827en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.17 17:17:14en
sync.item.modts2025.01.17 12:28:56en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
3.05 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
15.88 KB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_153827.html
Size:
8.52 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_153827.html
Download
Collections
2023