Typizace bakteriálních populací na základě detekce metylačních míst
Loading...
Date
Authors
Hlavatá, Kristína
ORCID
Advisor
Referee
Mark
E
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Táto bakalárska práca sa zameriava na detekciu metylácií DNA a vývoj metodiky typizácie bakteriálnych kmeňov. DNA metylácie hrajú kľúčovú úlohu ako regulačný mechanizmus v genóme, ktorý ovplyvňuje konečné vlastnosti organizmov. Použili sme DeepSignal2 na detekciu metylačných vzorov v 10 kmeňoch Klebsielly pneumoniae. Okrem toho sme navrhli metódu typizácie na základe identifikovaných metylácií pre kategorizáciu bakteriálnych kmeňov. Táto práca prispieva k zlepšeniu našeho chápania regulačných mechanizmov v bakteriálnych genómoch a predstavuje nový prístup k typizácii kmeňov pomocou vzorov metylácie DNA. Poskytuje cenné poznatky o charakterizácii a klasifikácii bakteriálnych kmeňov na základe ich metylómov.
This bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes.
This bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes.
Description
Citation
HLAVATÁ, K. Typizace bakteriálních populací na základě detekce metylačních míst [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (předseda)
Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Kateřina Šabatová (člen)
Mgr. Bc. Darina Čejková, Ph.D. (člen)
Ing. Martin Mézl, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2023-08-31
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Doc. Kolářová se zeptala jestli má epigenetické pole obsahovat ještě další látky? Mgr. Čejková se zeptala na epigenetiku. Jak si vysvětlujete vhodnost epigenetiky pro metylaci? Ing. Jakubíček se doptal k otázce dva, proč jste použila nástroj určený pro detekci lidských sekvencí a ne nástroj pro bakterie? Proč jste použila tento nástroj a ne jiný vhodný k dostupným datům? Proč jste neupravila dostupný signál? Zkoušela jste i jiný nástroj? Co nebylo kompatibilní? Ing. Jurečková se zeptala jestli existuje nějaký nástroj přímo pro bakterie? Doc. Kolářová se doptala jestli chyba byla v načtení dat. Doc. Kolářová jestli DeepSignal byl nápad od vedoucí? Ing. Jurečková se zeptala, co jsou vstupní data a co je hodnoceno? Co reprezentují modré tečky v obrázku v prezentaci?
Studentka obhájila bakalářskou práci s výhradami a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení