HLAVATÁ, K. Typizace bakteriálních populací na základě detekce metylačních míst [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Předložená práce studentky Kristíny Hlavaté se zaměřuje na typizaci bakteriálních kmenů na základě vzájemné podobnosti výskytu metylovaných nukleotidových bází v genomu. Jedná se o přepracovanou verzi dříve neobhájené práce. Rozsah práce je 34 stran od úvodu po závěr a je podložena 51 referencemi z výlučně zahraničních zdrojů. Teoretická část práce je na přiměřené úrovni, oproti původní verzi je výrazně přehlednější členění kapitol a snížil se podíl s tématem nesouvisejících částí. Po formální stránce je práce na velmi dobré úrovni a nemám k ní vážné výhrady. Oceňuji snahu studentky vypracovat práci v anglickém jazyce. K patrnému zlepšení došlo i v praktické části práce. Studentka navrhla, realizovala a na reálných datech otestovala metodiku detekce 5mC metylací pomocí jednoho zvoleného nástroje. Přestože dosažené výsledky oproti předchozí verzi práce již odpovídají teoretickým předpokladům, je odborná stránka práce stále na nízké úrovni. Navržená metodika filtrace získaných výsledků metylací je obtížně pochopitelná. Pojmy jako počet, frekvence a pravděpodobnost výskytu metylací nejsou dobře popsány a vzhledem k tomu, že jsou ze sebe vzájemně odvozeny a závisí na pokrytí genomu, zdá se několika fázové prahování na jejich základě redundantní. Nejslabší částí práce je však interpretace výsledků, diskuze a závěr práce. Výsledky a jejich vyhodnocení v diskuzi i závěru jsou velmi obecně popsány (např. celý 2. odstavec v závěru), jednotlivá tvrzení jsou často duplicitní. Naopak častokrát chybí potřebné vysvětlení získaných výsledků např. v tab. 5.1. hodnota ‘Other positions’, nebo které detekované pozice se shodují a kde byli detekovány. ‘Detail‘ rozmístění metylovaných pozic znázorňující víc jak rozsahu genomu neposkytuje žádné představitelné přiblížení. Barevná klasifikace klastrů v dendrogramech neodpovídá biologické podstatě a není vysvětlena. Pro porovnání s teoretickými předpoklady si musíte sami srovnat výsledek se zvolenými sekvenčními typy (o několik stránek dříve), které jsou navíc nevhodně přeloženy jako „sequencing types“. Aktivita studentky v prodlouženém období na přepracování práce nebyla výrazně vyšší než v průběhu semestru. Poprvé mě ke konzultaci postupu kontaktovala až měsíc po obhajobách a finální verzi již ke kontrole neposlala. V práci se stále vyskytuje spousta překlepů a chyb z nepozornosti např. v závěru je celá jedna věta 2x. Přes tyto výtky považuji zadání práce jako zcela splněné a hodnotím práci jako uspokojivou.
Předmětem recenze je přepracovaná, dříve neobhájená práce na téma typizace bakteriálních populací využívajících analýzu metylací ve zkoumaných bakteriích. Byť práce doznala výrazných změn, ne všechny vedly k vylepšení práce a stále se jedná o práci výrazně podprůměrnou. Práce je stále plná zavádějících tvrzení. Opět se pozastavím již u první věty úvodu tvrdící, že detekce metylací je technika, a to i přesto, že tato věta byla změněna. Nyní však vysvětlím problém explicitně. Detekce metylací je proces, který je možný provést různými technikami, například bisulfitovou konverzí, sekvenací na TGS, použitím různých algoritmů apod. Takových vět a jejich nezdařilých oprav je práce plná. Práce je v podstatě pro neznalého čtenáře nebezpečná, obsahuje obrovské množství zavádějících nebo přímo chybných tvrzení a není v mých silách je tu všechny shrnout. Po formální stránce je práce také nekvalitní, to je patrné již z rozšířeného abstraktu, např. skloňováním latinského Klebsiella podle nevím jakého slovenského vzoru (slovo by ale bylo potřebovat skloňovat, pokud vůbec, podle první latinské deklinace, vzor femina, -ae, f., případně skloňovat jeho český/slovenský přepis „klebsiela“); dále je v abstraktu jeden nástroj psaný názvem skriptu s malým písmenem a jiným fontem, aby hned o 2 řádky dále byl jiný nástroj napsaný klasickým textem a s velkým počátečním písmem; zásadní pojem resquiggling tu není vůbec vysvětlen; důležitá slova obsahují chyby – dendofram; apod. Toto se prolíná i zbytkem práce, např. slovo eukaryota má řecký původ a píše se s „k“ ne „c“, obrázek 5.1 je vsazen před kapitolu 5 apod. Změn k lepšímu ovšem doznala část praktická, která byla dříve také nejednoznačná, což přispělo i k mému lepšímu, ale chybnému dřívějšímu hodnocení. Současná praktická část je popsána věcně, určitě srozumitelněji než zbytek práce a věřím, že je podle popisu v práci i reprodukovatelná. Diskuse výsledků je poměrně krátká a některé závěry by bylo vhodné ještě rozvést a ověřit, konkrétně jak velkou roli hraje použitý sekvenační kit. I tak si ale upřímně cením, že studentka zvládla provést netriviální analýzu obrovského množství dat. Věřím, že dobrou prezentací je práce hraničně obhajitelná a hodnotím ji tedy jako dostatečnou.
eVSKP id 153827