Využití hybridního mapování pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Radovan Jiřík, Ph.D. (předseda) Ing. Radovan Smíšek, Ph.D. (místopředseda) Ing. Helena Vítková, Ph.D. (člen) Ing. Martin Králík (člen) MUDr. Michal Jurajda, Ph.D. (člen) Ing. Jakub Hejč, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Vítková se doptala, jestli byla kontrolována schoda a míra pokrytí plazmidu? Kolik procent genomu je pokryto? Byly některé plazmidy kratší? Ing. Smíšek se doptal na identity skore, jestli bylo nějak optimalizováno. Bude se Váš nástroj někde používat v budoucnu? Doc. Jiřík se zeptal jaká část práce byla práce s nástroji a kolik práce bylo v Pythonu? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorJakubíčková, Markétacs
dc.contributor.authorPražáková, Martinacs
dc.contributor.refereeVítková, Helenacs
dc.date.created2024cs
dc.description.abstractTato bakalářská práce se zabývá využitím hybridního mapování pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech. Začátek práce je věnován teorii, nejprve jsou popsány jednotlivé sekvenační technologie s větším zaměřením na platformu Illumina a sekvenování nanopórem. Dále jsou pak uvedeny způsoby skládání sekvencí a seznámení s bakteriálním genomem. V druhé části práce je postup zpracování nanopórových dat a návrh postupu pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech s jeho následovnou realizací.cs
dc.description.abstractThis bachelor's thesis is focused on hybrid mapping for determining the presence of plasmids in NGS data. The beginning of the thesis is dedicated to theory, firstly, various sequencing technologies are described, with a greater emphasis on the Illumina platform and nanopore sequencing. Next, methods for assembling sequences and bacterial genome are explained. In the second part of the thesis, the process of processing nanopore data is outlined, along with the proposal of a procedure for determining the presence of plasmids in NGD data and it's implementation .en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationPRAŽÁKOVÁ, M. Využití hybridního mapování pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.cs
dc.identifier.other159714cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/247401
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectsekvenovánícs
dc.subjecthybridní mapovánícs
dc.subjectbakteriální genomcs
dc.subjectplazmidcs
dc.subjectKlebsiella pneumoniaecs
dc.subjectsequencingen
dc.subjecthybrid mappingen
dc.subjectbacterial genomen
dc.subjectplasmiden
dc.subjectKlebsiella pneumoniaeen
dc.titleVyužití hybridního mapování pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datechcs
dc.title.alternativeHybrid mapping for plasmid content determination in NGS dataen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2024-06-12cs
dcterms.modified2024-06-12-15:39:13cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid159714en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.17 17:22:14en
sync.item.modts2025.01.15 17:03:05en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
11.55 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
file final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
1.64 MB
Format:
Unknown data format
Description:
file appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_159714.html
Size:
4.79 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_159714.html
Download
Collections
2024