Využití hybridního mapování pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech

Abstract

Tato bakalářská práce se zabývá využitím hybridního mapování pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech. Začátek práce je věnován teorii, nejprve jsou popsány jednotlivé sekvenační technologie s větším zaměřením na platformu Illumina a sekvenování nanopórem. Dále jsou pak uvedeny způsoby skládání sekvencí a seznámení s bakteriálním genomem. V druhé části práce je postup zpracování nanopórových dat a návrh postupu pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech s jeho následovnou realizací.This bachelor's thesis is focused on hybrid mapping for determining the presence of plasmids in NGS data. The beginning of the thesis is dedicated to theory, firstly, various sequencing technologies are described, with a greater emphasis on the Illumina platform and nanopore sequencing. Next, methods for assembling sequences and bacterial genome are explained. In the second part of the thesis, the process of processing nanopore data is outlined, along with the proposal of a procedure for determining the presence of plasmids in NGD data and it's implementation .