Využití hybridního mapování pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech
Loading...
Date
Authors
Pražáková, Martina
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato bakalářská práce se zabývá využitím hybridního mapování pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech. Začátek práce je věnován teorii, nejprve jsou popsány jednotlivé sekvenační technologie s větším zaměřením na platformu Illumina a sekvenování nanopórem. Dále jsou pak uvedeny způsoby skládání sekvencí a seznámení s bakteriálním genomem. V druhé části práce je postup zpracování nanopórových dat a návrh postupu pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech s jeho následovnou realizací.
This bachelor's thesis is focused on hybrid mapping for determining the presence of plasmids in NGS data. The beginning of the thesis is dedicated to theory, firstly, various sequencing technologies are described, with a greater emphasis on the Illumina platform and nanopore sequencing. Next, methods for assembling sequences and bacterial genome are explained. In the second part of the thesis, the process of processing nanopore data is outlined, along with the proposal of a procedure for determining the presence of plasmids in NGD data and it's implementation .
This bachelor's thesis is focused on hybrid mapping for determining the presence of plasmids in NGS data. The beginning of the thesis is dedicated to theory, firstly, various sequencing technologies are described, with a greater emphasis on the Illumina platform and nanopore sequencing. Next, methods for assembling sequences and bacterial genome are explained. In the second part of the thesis, the process of processing nanopore data is outlined, along with the proposal of a procedure for determining the presence of plasmids in NGD data and it's implementation .
Description
Citation
PRAŽÁKOVÁ, M. Využití hybridního mapování pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Radovan Jiřík, Ph.D. (předseda)
Ing. Radovan Smíšek, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Helena Vítková, Ph.D. (člen)
Ing. Martin Králík (člen)
MUDr. Michal Jurajda, Ph.D. (člen)
Ing. Jakub Hejč, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2024-06-12
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Ing. Vítková se doptala, jestli byla kontrolována schoda a míra pokrytí plazmidu? Kolik procent genomu je pokryto? Byly některé plazmidy kratší? Ing. Smíšek se doptal na identity skore, jestli bylo nějak optimalizováno. Bude se Váš nástroj někde používat v budoucnu? Doc. Jiřík se zeptal jaká část práce byla práce s nástroji a kolik práce bylo v Pythonu?
Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení