PRAŽÁKOVÁ, M. Využití hybridního mapování pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Studentka Martina Pražáková vypracovala bakalářskou práci zabývající se hybridním skládáním, které lze využít pro detekci plazmidů v NGS datech. Práce obsahuje od úvodu po závěr 35 stran a odkazuje se na 44 relevantních zdrojů. Teoretická část práce je dostatečná a relevantní k tématu. Praktická část práce zahrnuje návrh a implementaci pipeline pro identifikaci plazmidů v NGS datech, přičemž jako referenční databáze jsou použita sestavená data z nanopórového sekvenování. Zde oceňuji, že se studentka naučila pracovat s velkým množstvím nástrojů pro odlišné typy sekvenačních dat a zároveň, že vytvořila několik skriptů pro zpracování dílčích kroků. Nicméně popis některých částí by bylo potřeba upravit, jelikož stěžují pochopení navrženého postupu, který je poměrně složitý. Studentka na práci během semestru aktivně pracovala, na konzultace chodila dle potřeby, připravená s věcnými dotazy. Práci tedy doporučuji k obhajobě a hodnotím ji stupněm A/93 bodů.
Studentka Martina Pražáková se ve své práci zaměřila na stanovení obsahu plazmidů v celogenomových bakteriálních záznamech ze sekvenátorů druhé generace pomocí hybridního mapování. Práce má od úvodu po závěr 35 stran a je podložená 44 kvalitními zahraničními referencemi. Teoretická část práce je psána srozumitelně, obsahuje všechny podstatné části, vytýkám jen neúměrný rozsah některých podkapitol vzhledem k zaměření práce (např. historickým sekvenátorům první generace je věnován mnohem větší prostor než samotným plazmidům). V praktické části práce studentka navrhla a prakticky realizovala postup identifikace a klasifikace plazmidové DNA v celogenomových záznamech ze sekvenátoru Illumina MiSeq na základě vlastní vytvořené databáze templátů plazmidů ze sekvenátoru MinION ONT. Návrh a realizace jsou rozděleny do tří kapitol (4.,5.,6.). Samotný návrh je poměrně stručný a oddělený od samotné realizace popisem předzpracování dat. V realizaci se už na schéma návrhu nijak neodkazuje, což značně ztěžuje pochopení poměrně komplexního postupu. Navržený postup však řádně vyhodnocuje, verifikuje pomocí nástroje PlasmidFinder a výsledky diskutuje. Po formální stránce je práce na velmi dobré úrovni, vytýkám jen nekonzistentní vyjadřování ohledně osoby řešitele práce (množné číslo, jednotné číslo, trpný rod…), komplikující odhalení, co vlastně studentka sama udělala (např. „vstupní data se zpracovala“). Celkově hodnotím práci jako velmi dobrou – stupněm B, 87 body.
eVSKP id 159714