Nástroj pro zpracování a konverzi nanopórových signálů
Loading...
Date
Authors
Suriak, Martin
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Táto bakalárska práca je venovaná návrhu nástroja pre spracovanie a konverziu nanopórových signálov. V úvode čitateľovi objasňuje vývoj sekvenačných technológií, následne približuje formáty dát obsahujúce informácie vzniknuté nanopórovým sekvenovaním a nakoniec zoznamuje čitateľa s konverziou signálu na nukleotidovú sekvenciu procesom zvaným basecalling. Praktická časť je venovaná implementácii nástroja schopného vyhľadávania zvolenej nukleotidovej sekvencie vo vytvorených čítaniach, exportu vybraných dát sekvenačného behu v podobe súborov vhodného formátu a vizualizácie signálu so zvýraznenými pozíciami nukleotidov.
This bachelor thesis focuses on the development of a tool for processing and converting nanopore signals. It starts by explaining the development of sequencing technologies, then introduces data formats containing information generated by nanopore sequencing, and finally introduces the reader to the conversion of a signal to a nucleotide sequence by a process called basecalling. The practical part addresses the implementation of a tool capable of searching for a selected nucleotide sequence in the generated reads, the export of selected sequencing run data as files of appropriate format, and the visualization of a signal of a selected read with the nucleotide positions highlighted.
This bachelor thesis focuses on the development of a tool for processing and converting nanopore signals. It starts by explaining the development of sequencing technologies, then introduces data formats containing information generated by nanopore sequencing, and finally introduces the reader to the conversion of a signal to a nucleotide sequence by a process called basecalling. The practical part addresses the implementation of a tool capable of searching for a selected nucleotide sequence in the generated reads, the export of selected sequencing run data as files of appropriate format, and the visualization of a signal of a selected read with the nucleotide positions highlighted.
Description
Citation
SURIAK, M. Nástroj pro zpracování a konverzi nanopórových signálů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
sk
Study field
bez specializace
Comittee
prof. Ing. Martin Augustynek, Ph.D. (předseda)
Ing. Martin Mézl, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Kateřina Šabatová (člen)
Ing. Martin Vítek, Ph.D. (člen)
MUDr. Tibor Stračina, Ph.D. (člen)
Ing. Petra Novotná (člen)
Date of acceptance
2024-06-12
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Dr. Mézl se zeptal na srovnání studentova nástroje s dostupnými softwarovými řešeními.
Student obhájil bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení