Nástroj pro zpracování a konverzi nanopórových signálů

Abstract

Táto bakalárska práca je venovaná návrhu nástroja pre spracovanie a konverziu nanopórových signálov. V úvode čitateľovi objasňuje vývoj sekvenačných technológií, následne približuje formáty dát obsahujúce informácie vzniknuté nanopórovým sekvenovaním a nakoniec zoznamuje čitateľa s konverziou signálu na nukleotidovú sekvenciu procesom zvaným basecalling. Praktická časť je venovaná implementácii nástroja schopného vyhľadávania zvolenej nukleotidovej sekvencie vo vytvorených čítaniach, exportu vybraných dát sekvenačného behu v podobe súborov vhodného formátu a vizualizácie signálu so zvýraznenými pozíciami nukleotidov.This bachelor thesis focuses on the development of a tool for processing and converting nanopore signals. It starts by explaining the development of sequencing technologies, then introduces data formats containing information generated by nanopore sequencing, and finally introduces the reader to the conversion of a signal to a nucleotide sequence by a process called basecalling. The practical part addresses the implementation of a tool capable of searching for a selected nucleotide sequence in the generated reads, the export of selected sequencing run data as files of appropriate format, and the visualization of a signal of a selected read with the nucleotide positions highlighted.