SURIAK, M. Nástroj pro zpracování a konverzi nanopórových signálů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Student Martin Suriak vypracoval bakalářskou práci zabývající se zpracováním nanopórových signálů a jim odpovídajících sekvencí. Práce má od úvodu po závěr 31 stran a cituje 34 zdrojů. Teoretická část obsahuje odpovídající teoretickou rešerši. Praktická část zahrnuje zpracování nanopórových dat a následný návrh a implementaci nástroje, který umožňuje práci s těmito daty. Zároveň student pro navržený nástroj vytvořil GUI, které usnadňuje jeho používání. Oceňuji, že nástroj umožňuje zpracovávat sekvenační data v novém datovém formátu (pod5) i starém formátu (fast5). Nicméně popisy některých částí nástroje a jejich vzájemné propojení by bylo vhodné doupravit a lépe vysvětlit. Formálně je práce na dobré úrovni. Jelikož je psána ve slovenštině, nemohu hodnotit jazykovou stránku. Student byl po celou dobu řešení práce aktivní, na konzultace docházel vždy s konkrétními dotazy. O aktivitě studenta svědčí i to, že svoji práci prezentoval na studentské konferenci EEICT. Práci tedy doporučuji k obhajobě a hodnotím ji stupněm A/93 bodů.
Bakalářská práce Martina Suriaka se zabývá návrhem a implementací nástroje pro zpracování a konverzi nanopórových signálů. Literární rešerše je vhodně strukturovaná a výstižně popisuje technologie sekvenování různých generací a zaměřuje se zejména na nanopórové sekvenování. V praktické části pak student implementoval nástroj pro zpracování nanopórových signálů. Kromě funkce pro vyhledání konkrétní sekvence ve čteních daného běhu, nástroj umožňuje extrakci nanoporového signálu jak ze staršího FAST5 datového formátu, tak z novějšího POD5, což je jeho velkou předností. Nástroj je také doplněný o grafické uživatelské rozhraní, ale pro jeho širší využití chybí vhodná dokumentace, ať ve formě podrobného README nebo tutoriálu. Při prvotním spuštění uživatel také narazí na problém s chybějícími závislostmi. Postrádám tedy seznam všech použitých knihoven a jejich verzí. Samotný kód nedodržuje pravidla správné programátorské praxe a je také nedostatečně a nekonzistentně dokumentován, což ztěžuje jeho pochopení. Po formální stránce je práce na výborné úrovni. Jazykovou úroveň práce nejsem schopna ohodnotit, protože je práce psána slovensky. Práci doporučuji k obhajobě, a přes uvedené výtky ji hodnotím jako výbornou tedy stupněm A 90 bodů.
eVSKP id 159725