Benchmarking výpočetních nástrojů pro predikci vlivu mutací na stabilitu proteinů

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (člen) Ing. Zbyněk Křivka, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) prof. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudent nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A.cs
but.jazykangličtina (English)
but.programInformační technologie a umělá inteligencecs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorMusil, Milošen
dc.contributor.authorBerezný, Matejen
dc.contributor.refereeMartínek, Tomášen
dc.date.created2024cs
dc.description.abstractNávrh proteínov vyžaduje informáciu o tom ako mutácie ovplyvňujú celkovú stabilitu proteinu. Pre tento prípad existuje mnoho verejne dostupných nástrojov avšak ich kolektívne používanie či porovnávanie je veľmi pracné. Presne pre tento prípad som vyvinul BenchStab; konzolovú aplikáciu/Python knižnicu navrhnutú pre rýchlu a priamočiaru manipuláciu s 18 prediktormi, umožňujúc hromadné získavanie mutačných výsledkov. Zároveň som vytvoril novú unikátnu dátovú sadu, získanú z FireProtDB. Tento dataset som použil na porovnanie 24 rôznych predikčných metód pomocou rôznych metrík.en
dc.description.abstractProtein design necessitates understanding how mutations influence their stability. Numerous online predictors exist for this aim, but it is challenging to compare them or to use them collectively. For that purpose I developed BenchStab, a console application/Python package designed for the swift and straightforward operation of 18 predictors, gathering results from a series of mutants. Benchstab is freely available on GitHub and can be expanded to include more predictors. To avoid potential dataset bias towards some predictors, I have constructed a new unique dataset, sourced from FireProtDB. I utilized this dataset to assess 24 distinct prediction methods from the three different perspectives.cs
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationBEREZNÝ, M. Benchmarking výpočetních nástrojů pro predikci vlivu mutací na stabilitu proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2024.cs
dc.identifier.other154611cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/248562
dc.language.isoencs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectstabilita proteínoven
dc.subjectpredikciaen
dc.subjectstabilitaen
dc.subjectbenchmarken
dc.subjectprediktoren
dc.subjectsoftvérový nástrojen
dc.subjectbenchmark stability proteínoven
dc.subjectzískavanie stabilityen
dc.subjectštruktúraen
dc.subjectsekvenciaen
dc.subjectproteínen
dc.subjectdataseten
dc.subjectDDGen
dc.subjectFoldX4en
dc.subjectFoldx5en
dc.subjectDDMuten
dc.subjectPoPMuSiCen
dc.subjectMaestroen
dc.subjectmutácieen
dc.subjectwebový klienten
dc.subjectprotein stabilitycs
dc.subjectpredictioncs
dc.subjectbenchmarkcs
dc.subjectpredictorcs
dc.subjectprotein stability predictorcs
dc.subjectstabilitycs
dc.subjectprotein stability benchmarkcs
dc.subjectsoftware toolcs
dc.subjectstability queryingcs
dc.subjectstructurecs
dc.subjectsequencecs
dc.subjectproteincs
dc.subjectdatasetcs
dc.subjectDDGcs
dc.subjectFoldX4cs
dc.subjectFoldx5cs
dc.subjectDDMutcs
dc.subjectPoPMuSiCcs
dc.subjectMaestrocs
dc.subjectmutationscs
dc.subjectweb-tool clientcs
dc.titleBenchmarking výpočetních nástrojů pro predikci vlivu mutací na stabilitu proteinůen
dc.title.alternativeBenchmark of the Computational Tools for the Prediction of the Effect of Mutations on Protein Stabilitycs
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2024-06-17cs
dcterms.modified2024-06-17-14:16:33cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta informačních technologiícs
sync.item.dbid154611en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 15:38:02en
sync.item.modts2025.01.17 13:47:59en
thesis.disciplineBioinformatika a biocomputingcs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémůcs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
4.47 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
file final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
259.69 KB
Format:
Unknown data format
Description:
file appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_154611.html
Size:
8.93 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_154611.html
Download
Collections
2024