BEREZNÝ, M. Benchmarking výpočetních nástrojů pro predikci vlivu mutací na stabilitu proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2024.
Projekt byl dokončen a připraven pro snadné použití vědeckou komunitou. S projektem spojená publikace navíc již byla odeslána na posouzení do prestižního časopisu. Navrhuji tedy hodnocení A , případně i další ocenění.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Informace k zadání | Jedná se o průměrné až náročnější zadání, jelikož student musel nastudovat desítky výpočetních nástrojů a proniknout do tématu proteinů a jejich stability. | ||
| Práce s literaturou | Student dostal k dispozici publikace k počáteční sadě nástrojů. Ostatní zdroje si pak dohledával samostatně. | ||
| Aktivita během řešení, konzultace, komunikace | Student byl po celou dobu řešení projektu aktivní a práce byla pravidelně konzultována. | ||
| Aktivita při dokončování | Práce byla dokončena včas a po etapách dostatečně konzultována. Měl jsem možnost přečíst si i finální podobu práce. | ||
| Publikační činnost, ocenění | Výsledek práce je uložen na GitHubu a je k ní vypracována detailní dokumentace: https://loschmidt.chemi.muni.cz/benchstab/index.html . Student je navíc spoluautorem publikace "BenchStab: a tool for automated querying of web-based stability predictors", která již byla odeslána na posouzení do Bioinformatics (Q1 v Mathematical & Computational Biology). |
Jedná se o velmi pěknou diplomovou práci, která se zabývá novým frameworkem pro hodnocení nástrojů pro predikci vlivu mutace na stabilitu proteinu. Oceňuji zejména kvalitní návrh a implementaci výsledného nástroje a v neposlední řadě také velmi precizní přístup při tvorbě datové sady a experimentálním ohodnocení externích nástrojů. S přihlédnutím na obtížnější zadání a kvalitně zpracovanou technickou zprávu hodnotím stupněm výborně (A) a doporučuji komisi zvážit případné ocenění této práce.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Náročnost zadání | Cílem práce bylo sestavit datovou sadu a nový framework pro ohodnocení nástrojů pro predikci vlivu mutace na stabilitu proteinu. Zadání považuji za obtížnější s ohledem na vyšší pracnost a preciznost při ohodnocení externích nástrojů. | ||
| Rozsah splnění požadavků zadání | |||
| Rozsah technické zprávy | |||
| Prezentační úroveň technické zprávy | 95 | Prezentační úroveň technické zprávy je na velmi vysoké úrovni . Struktura i návaznost jednotlivých kapitol jsou v pořádku. Samotný text práce je dobře čitelný a snadno pochopitelný. | |
| Formální úprava technické zprávy | 95 | Text práce je napsán v anglickém jazyce na velmi dobré úrovni. Podobně i po typografické stránce není práci co vytknout. | |
| Práce s literaturou | 95 | Seznam literatury je tvořen primárně z kvalitních časopisecký publikací . Autor používá odkazy na tuto literaturu vhodným způsobem a správně v textu odděluje vlastní přínos od převzatých informací. | |
| Realizační výstup | 95 | Výstupem práce je nová datová sada a framework s názvem BenchStab pro ohodnocení externích nástrojů pro predikci vlivu mutace na stabilitu proteinu. Návrh i implementace toho frameworku je provedena velmi kvalitně. Zdrojové kódy jsou uvolněny jako open-source a volně dostupné na github. Oceňuji také velmi precizní zpracování datové sady a samotné ohodnocení externích nástrojů. | |
| Využitelnost výsledků | Výstupy práce jsou částečně kompilačního a částečně experimentálního charakteru . Zcela určitě jsou využitelné v praxi , ať už v rámci vědecké komunity nebo průmyslových partnerů. Doporučuji také zvážit publikaci v některém z vědeckých časopisů. |
eVSKP id 154611