Benchmarking výpočetních nástrojů pro predikci vlivu mutací na stabilitu proteinů
Loading...
Date
Authors
Berezný, Matej
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Návrh proteínov vyžaduje informáciu o tom ako mutácie ovplyvňujú celkovú stabilitu proteinu. Pre tento prípad existuje mnoho verejne dostupných nástrojov avšak ich kolektívne používanie či porovnávanie je veľmi pracné. Presne pre tento prípad som vyvinul BenchStab; konzolovú aplikáciu/Python knižnicu navrhnutú pre rýchlu a priamočiaru manipuláciu s 18 prediktormi, umožňujúc hromadné získavanie mutačných výsledkov. Zároveň som vytvoril novú unikátnu dátovú sadu, získanú z FireProtDB. Tento dataset som použil na porovnanie 24 rôznych predikčných metód pomocou rôznych metrík.
Protein design necessitates understanding how mutations influence their stability. Numerous online predictors exist for this aim, but it is challenging to compare them or to use them collectively. For that purpose I developed BenchStab, a console application/Python package designed for the swift and straightforward operation of 18 predictors, gathering results from a series of mutants. Benchstab is freely available on GitHub and can be expanded to include more predictors. To avoid potential dataset bias towards some predictors, I have constructed a new unique dataset, sourced from FireProtDB. I utilized this dataset to assess 24 distinct prediction methods from the three different perspectives.
Protein design necessitates understanding how mutations influence their stability. Numerous online predictors exist for this aim, but it is challenging to compare them or to use them collectively. For that purpose I developed BenchStab, a console application/Python package designed for the swift and straightforward operation of 18 predictors, gathering results from a series of mutants. Benchstab is freely available on GitHub and can be expanded to include more predictors. To avoid potential dataset bias towards some predictors, I have constructed a new unique dataset, sourced from FireProtDB. I utilized this dataset to assess 24 distinct prediction methods from the three different perspectives.
Description
Keywords
stabilita proteínov, predikcia, stabilita, benchmark, prediktor, softvérový nástroj, benchmark stability proteínov, získavanie stability, štruktúra, sekvencia, proteín, dataset, DDG, FoldX4, Foldx5, DDMut, PoPMuSiC, Maestro, mutácie, webový klient, protein stability, prediction, benchmark, predictor, protein stability predictor, stability, protein stability benchmark, software tool, stability querying, structure, sequence, protein, dataset, DDG, FoldX4, Foldx5, DDMut, PoPMuSiC, Maestro, mutations, web-tool client
Citation
BEREZNÝ, M. Benchmarking výpočetních nástrojů pro predikci vlivu mutací na stabilitu proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (člen)
Ing. Zbyněk Křivka, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)
Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2024-06-17
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení