Přítomnost a lokalizace lokálních DNA struktur v genomu Schizosaccharomyces pombe

Simple item page
but.committeeprof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda) doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (místopředseda) prof. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen) prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Renata Mikulíková, Ph.D. (člen) doc. Ing. Eva Vítová, Ph.D. (člen)cs
but.defence1. Studentka seznámila členy komise s náplní a cílem bakalářské práce. 2. Byly přečteny posudky na bakalářskou práci. 3. Studentka akceptovala všechny připomínky oponentky a na všechny otázky odpověděla v plné šíři. Diskuse: prof. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. Věděla byste, jak by se daly Vaše výsledky využít v praxi? Jak by bylo možné dále navázat na Vaši práci? Studentka odpověděla na všechny doplňující otázky členů komise, které byly v průběhu diskuse k dané problematice vzneseny. V diskusi studentka prokázala výbornou orientaci v dané problematice. Po diskusi následovalo hodnocení závěrečné práce. Studentka prokázala nejen výborné odborné znalosti, ale i schopnost samostatné prezentace dosažených výsledků.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programChemie a technologie potravincs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorBrázda, Václavcs
dc.contributor.authorKubínová, Michaelacs
dc.contributor.refereeKroupová, Zuzanacs
dc.date.created2023cs
dc.description.abstractPráce se zaměřuje na analýzu lokálních struktur DNA (křížových struktur a kvadruplexových struktur) v genomu Schizosaccharomyces pombe - kvasinky významné v potravinářském průmyslu. Přítomnost těchto struktur v DNA není náhodná. Na základě dříve provedených studií bylo zjištěno, že často kolokalizují s regulačními oblastmi genů a že úloha těchto sekundárních struktur v regulaci základních buněčných procesů (například replikaci či transkripci) je významná. Tato analýza byla provedena pomocí specializovaných bioinformatických nástrojů (G4Hunteru a Palindrome Analyseru), které mi umožnily tyto struktury identifikovat a následně analyzovat z hlediska jejich výskytu a lokalizace. V mtDNA bylo nalezeno mnohonásobně méně IR ve srovnání s výskytem IR v chromozomech. Bylo také zjištěno, že počet i frekvence PQS v mtDNA je velmi nízká. Od kvasinky S. cerevisiae se v tomto ohledu velmi liší. Dále bylo zjištěno, že počet nalezených IR se snižuje s rostoucí délkou IR a asi 17% IR nemá smyčku. Velké obohacení IR bylo zaznamenáno v oblasti repeat_region a rRNA, v případě PQS v oblasti rRNA a mRNA, tedy v sekvencích důležitých pro biologické procesy buňky.cs
dc.description.abstractThe thesis focuses on the study of local DNA structures (cruciforms and G quadruplexforming sequence) in the genome of Schizosaccharomyces pombe, a yeast used in the food industry. The analysed local structures are non-randomly distributed within the genome. Based on previous studies, it has been found that they often colocalize with regulatory regions of genes and that the role of these secondary structures in the regulation of basic cellular processes (e.g. replication or transcription) is significant. This analysis was performed using specialized bioinformatics tools (G4Hunter and Palindrome Analyser) that allowed me to identify and analyze these structures in terms of their presence and localization. Many times less IR was found in mtDNA compared to the occurrence of IR in chromosomes. The number and frequency of PQS in mtDNA was also found to be very low. It is very different from the yeast Saccharomyces cerevisiae in this respect. It was also found that the number of IRs found decreases with increasing IR length and about 17% of IRs do not have a loop. A large enrichment of IRs was observed in the repeat_region and rRNA, and in the case of PQS in the rRNA and mRNA regions, i.e. sequences important for cellular processes.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationKUBÍNOVÁ, M. Přítomnost a lokalizace lokálních DNA struktur v genomu Schizosaccharomyces pombe [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2023.cs
dc.identifier.other139540cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/210734
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta chemickács
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectG-kvadruplexycs
dc.subjectkřížová strukturacs
dc.subjectinvertované repeticecs
dc.subjectbioinformatikacs
dc.subjectG4Huntercs
dc.subjectPalindrome analysercs
dc.subjectSchizosaccharomyces pombecs
dc.subjectG-quadruplexen
dc.subjectcruciformen
dc.subjectinverted repeatsen
dc.subjectbioinformaticsen
dc.subjectG4Hunteren
dc.subjectPalindrome analyseren
dc.subjectSchizosaccharomyces pombeen
dc.titlePřítomnost a lokalizace lokálních DNA struktur v genomu Schizosaccharomyces pombecs
dc.title.alternativeThe presence and localization of local DNA structures in the genome of Schizosaccharomyces pombeen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2023-06-16cs
dcterms.modified2023-06-20-07:06:56cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta chemickács
sync.item.dbid139540en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.16 12:56:44en
sync.item.modts2025.01.15 14:53:36en
thesis.disciplineBiotechnologiecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. Ústav chemie potravin a biotechnologiícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
3.46 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
1.51 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_139540.html
Size:
10.38 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_139540.html
Download
Collections
2023