KUBÍNOVÁ, M. Přítomnost a lokalizace lokálních DNA struktur v genomu Schizosaccharomyces pombe [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2023.

Posudek vedoucího

Brázda, Václav

Ve své bakalářské práci se studentka Michaela Kubínová věnovala bioinformatické analýze lokálních struktur v genomu S. pombe. Přes dálkové studium přistupovala k řešení dané problematiky velmi odpovědně aktivně a v rámci své práce zvládla celou řadu bioinformatických technik a získala zajímavé výsledky, které srovnala s výsledky analýzy u S. cerevisiae. Bakalářskou práci vypracovala samostatně a prokázala dobrou orientaci v literatuře a řešené problematice a své zkušenosti jistě využije při dalším studiu. Výsledky kvalitně prezentovány a odpovídají bakalářské úrovni a pro její aktivní přístup studentku hodnotím jako výbornou – A.

Posudek oponenta

Kroupová, Zuzana

Studentka Mgr. Kubínová se ve své práci věnovala bioinformatickému zpracování dat kvasinky Schizosaccharomyces pombe. Teoretická část je dostatečně dlouhá (20 stran) a informativní. Obsahuje informace biotechnologickém využití S. pombe, využití v medicíně a při tvorbě rekombinantních proteinů a v neposlední řadě informuje o genomu S. pombe a o lokálních strukturách DNA. Předposlední kapitolou teoretické části je úvod do bioinformatiky a seznámení s používanými nástroji – kterými byla webová aplikace G4Hunter a Palindrome analyser. Pro obě zmiňované jsou v práci vizuálně demonstrovány pomocí snímků obrazovky jak vstupní okna, tak výsledková okna. V případě kapitoly 2.7 je zcela nadbytečný nadpis třetí a páté úrovně. Teoretické části bych vytkla zejména tři věci – první je velký výskyt typografických chyb (zejména jednoslovné spojky na koncích řádků a chybně psaná procenta), druhou je chybějící kurzíva pro názvy mikroorganismů v názvech kapitol, opakovaně se vyskytuje S. pombe či S. cerevisiae bez kurzívy. Třetí výtka se týká práce se zdroji. Práce začíná zdrojem s číslem 2, následuje citace č. 1, 3, 5, 7, … a citace číslo 6 se poprvé objevuje na straně 26 až po citaci číslo 121. Na straně 17 je citace uvedena jménem + rok (ČSN ISO 690 – autor, datum), nikoliv číslem v hranaté závorce (ČSN ISO 690 [číslování]). Typografické chyby se linou celou prací stejně jako chybně psaná % a občasné chybějící mezery mezi číslem a bp (párem bazí). Opakovaně se objevuje % bez mezery mezi číslem při udávání počtu procent z celku (např. na straně 15, 29, 30, 36). Experimentální část je rozdělena na metody a výsledky. V metodické části jsou popsány velikosti jednotlivých chromozomů a parametry, které byly použity pro jednotlivé nástroje. Výsledková část má 2 hlavní pilíře – analýzu PQS (neboli sekvencí s potenciálem tvořit kvadruplexy) a analýzu výskytu IR (invertovaných repetic). V kapitole analýza PQS chybí odkaz na obrázek 10, který odporuje tabulce č. 2 v případě dat týkajících se chromozomu III. Podle tabulky má tento chromozom nejnižší počet PQS (646 oproti 1200 u chromozomu I), ale podle grafu nejvyšší distribuci PQS na 1000 bp. K této problematice směřuje moje první otázka. V práci je oddělena kapitola výsledky a diskuze. Výsledková část je dostatečně obsáhlá a obsahuje prvky diskuze. Výsledky jsou přehledně prezentovány pomocí tabulek a grafů. V závěru práce se nachází pokus o diskuzi, která má spíše charakter závěru, jelikož jsou v této části shrnuta a popsána získaná data. Stejné údaje z diskuze pak můžeme nalézt v kapitole závěr. Naopak v kapitole výsledky se v některých částech objevuje diskuze během popisu výsledků (např. str. 30). Celkový dojem z práce je dobrý, práce obsahuje všechny podstatné části a naplňuje všechny cíle. I přes zmíněné výtky práci hodnotím stupněm „B“ a doporučuji k obhajobě.

eVSKP id 139540