Přítomnost a lokalizace lokálních DNA struktur v genomu Schizosaccharomyces pombe
Loading...
Date
Authors
Kubínová, Michaela
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract
Práce se zaměřuje na analýzu lokálních struktur DNA (křížových struktur a kvadruplexových struktur) v genomu Schizosaccharomyces pombe - kvasinky významné v potravinářském průmyslu. Přítomnost těchto struktur v DNA není náhodná. Na základě dříve provedených studií bylo zjištěno, že často kolokalizují s regulačními oblastmi genů a že úloha těchto sekundárních struktur v regulaci základních buněčných procesů (například replikaci či transkripci) je významná. Tato analýza byla provedena pomocí specializovaných bioinformatických nástrojů (G4Hunteru a Palindrome Analyseru), které mi umožnily tyto struktury identifikovat a následně analyzovat z hlediska jejich výskytu a lokalizace. V mtDNA bylo nalezeno mnohonásobně méně IR ve srovnání s výskytem IR v chromozomech. Bylo také zjištěno, že počet i frekvence PQS v mtDNA je velmi nízká. Od kvasinky S. cerevisiae se v tomto ohledu velmi liší. Dále bylo zjištěno, že počet nalezených IR se snižuje s rostoucí délkou IR a asi 17% IR nemá smyčku. Velké obohacení IR bylo zaznamenáno v oblasti repeat_region a rRNA, v případě PQS v oblasti rRNA a mRNA, tedy v sekvencích důležitých pro biologické procesy buňky.
The thesis focuses on the study of local DNA structures (cruciforms and G quadruplexforming sequence) in the genome of Schizosaccharomyces pombe, a yeast used in the food industry. The analysed local structures are non-randomly distributed within the genome. Based on previous studies, it has been found that they often colocalize with regulatory regions of genes and that the role of these secondary structures in the regulation of basic cellular processes (e.g. replication or transcription) is significant. This analysis was performed using specialized bioinformatics tools (G4Hunter and Palindrome Analyser) that allowed me to identify and analyze these structures in terms of their presence and localization. Many times less IR was found in mtDNA compared to the occurrence of IR in chromosomes. The number and frequency of PQS in mtDNA was also found to be very low. It is very different from the yeast Saccharomyces cerevisiae in this respect. It was also found that the number of IRs found decreases with increasing IR length and about 17% of IRs do not have a loop. A large enrichment of IRs was observed in the repeat_region and rRNA, and in the case of PQS in the rRNA and mRNA regions, i.e. sequences important for cellular processes.
The thesis focuses on the study of local DNA structures (cruciforms and G quadruplexforming sequence) in the genome of Schizosaccharomyces pombe, a yeast used in the food industry. The analysed local structures are non-randomly distributed within the genome. Based on previous studies, it has been found that they often colocalize with regulatory regions of genes and that the role of these secondary structures in the regulation of basic cellular processes (e.g. replication or transcription) is significant. This analysis was performed using specialized bioinformatics tools (G4Hunter and Palindrome Analyser) that allowed me to identify and analyze these structures in terms of their presence and localization. Many times less IR was found in mtDNA compared to the occurrence of IR in chromosomes. The number and frequency of PQS in mtDNA was also found to be very low. It is very different from the yeast Saccharomyces cerevisiae in this respect. It was also found that the number of IRs found decreases with increasing IR length and about 17% of IRs do not have a loop. A large enrichment of IRs was observed in the repeat_region and rRNA, and in the case of PQS in the rRNA and mRNA regions, i.e. sequences important for cellular processes.
Description
Citation
KUBÍNOVÁ, M. Přítomnost a lokalizace lokálních DNA struktur v genomu Schizosaccharomyces pombe [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2023.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biotechnologie
Comittee
prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda)
doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (místopředseda)
prof. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen)
prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D. (člen)
doc. RNDr. Renata Mikulíková, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Eva Vítová, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2023-06-16
Defence
1. Studentka seznámila členy komise s náplní a cílem bakalářské práce.
2. Byly přečteny posudky na bakalářskou práci.
3. Studentka akceptovala všechny připomínky oponentky a na všechny otázky odpověděla v plné šíři.
Diskuse:
prof. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D.
Věděla byste, jak by se daly Vaše výsledky využít v praxi? Jak by bylo možné dále navázat na Vaši práci?
Studentka odpověděla na všechny doplňující otázky členů komise, které byly v průběhu diskuse k dané problematice vzneseny. V diskusi studentka prokázala výbornou orientaci v dané problematice. Po diskusi následovalo hodnocení závěrečné práce. Studentka prokázala nejen výborné odborné znalosti, ale i schopnost samostatné prezentace dosažených výsledků.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení