Detekce CNV v bakteriálních genomech

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Valentýna Provazník, Ph.D. (předseda) Ing. Martin Vítek, Ph.D. (místopředseda) Ing. Jiří Chmelík, Ph.D. (člen) Mgr. Helena Durnová, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Potočňák (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Chmelík položil otázky - Jakým způsobem stanovujete práh? Co znamená, že vzdálenost dvou detekcí je "značná/výrazná"? prof. Provazník položil otázku - Když jste data analyzovala, máte představu jaká je podobnost použitých vzorků? Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorVítková, Helenacs
dc.contributor.authorLacinová, Michaelacs
dc.contributor.refereeSedlář, Karelcs
dc.date.created2019cs
dc.description.abstractTato diplomová práce se zabývá rozborem strukturní variability genomu a metodami jeho sekvenování napříč všemi generacemi. Součástí rozboru je popis variability počtu kopií a možnosti její detekce. Praktická část práce je zaměřena na návrh algoritmu pro detekci CNV na základě analýzy a testování simulovaných genomických dat podle nerovnoměrného pokrytí v genomovém sestavení, proměnlivého zastoupení GC obsahu a vzdálenosti sekvenčních čtení. Tento algoritmus je následně otestován na genomických datech bakterie Klebsiella pneumoniae.cs
dc.description.abstractThis master thesis deals with analysis of structural variation of genome and with methods of its sequencing across all generations. Subsequently it contains a description of copy number variation and methods of its detection. The experimental part focuses on algorithm proposal for CNV detection according analysis and testing of uneven coverage in genome, variable representation of GC content and distance of sequence reads. Finally, the algorithm for detecting copy number variation is tested on genomic data of bacteria Klebsiella pneumoniae.en
dc.description.markBcs
dc.identifier.citationLACINOVÁ, M. Detekce CNV v bakteriálních genomech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2019.cs
dc.identifier.other118356cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/177648
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectVariabilita počtu kopiícs
dc.subjectCNVcs
dc.subjectsekvenovánícs
dc.subjectbakteriální genomcs
dc.subjectKlebsiella pneumoniaecs
dc.subjectCopy number variationen
dc.subjectCNVen
dc.subjectsequencingen
dc.subjectbacterial genomeen
dc.subjectKlebsiella pneumoniaeen
dc.titleDetekce CNV v bakteriálních genomechcs
dc.title.alternativeCNV detection in bacterial genomesen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2019-06-05cs
dcterms.modified2019-06-06-11:40:40cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid118356en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 13:36:28en
sync.item.modts2025.01.17 14:03:51en
thesis.disciplineBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
2.15 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
5.45 KB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_118356.html
Size:
7.63 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_118356.html
Download
Collections
2019