2019
Browse
Recent Submissions
Now showing 1 - 5 of 333
- ItemSegmentation of phase contrast images in multi epitope ligand cartography (MELC) for image quantification at the single cell level(Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, ) Mívalt, Filip; Mehnen, Lars; Taschner-Mandl,, SabineTechnologie Multi-Epitope Ligand Cartography (MELC) umožňuje mikroskopickou vizualizaci více buněčných kompartmentů za pomocí více imunofluorescenčních barviv. Tato pipeline tudíž umožňuje charakterizaci fenotypu pro všechny buňky nacházející se ve vzorcích kostní dřeně u pacientů s neuroblastomem. Přiřazení protilátkového signálu k odpovídající plazmatické membráně jednotlivých buněk je založeno na segmentaci buněčného jádra a algoritmu region growing, jenomže tahle metoda skutečný tvar buňky pouze aproximuje. Tento přístup je mimořádně chybový, pokud je aplikován na překrývající se buňky kvůli nejednoznačnému přiřazení jednoho protilátkového signálu více buňkám. Následně se pak tato chyba dostává až do popisných parametrů charakterizujících každou buňku zvláště, čímž může být ovlivniněna navazující klasifikace nebo kvantifikace buněčného fenotypu. Z toho důvodu je vyžadována segmentace fázově kontrastních obrazů, které jsou pořízeny současně s každým fluorescenčním snímkem, a zobrazují celou buňku (včetně cytoplazmy a jádra). Tato segmentace poskytuje přesné segmentační masky reprezentující celou buňku. Implementovali jsme automatizovanou strategii pro segmentaci těchto fázově kontrastních obrazů využívajíce Mask R-CNN. Algoritmus dosáhl celkového F1 skóre (pro detekci objektů) 0.935 a F1 skóre (pro klasifikaci na úrovni pixelů) 0.868, přičemž byl trénován pouze s malým anotovaným datasetem. Natrénovaný model byl implementován do existující pipeline pro zpracování MELC dat. Kromě toho, poskytujeme anotovaný dataset čítající 54 fázově kontrastních obrazů Cytospin preparátů kostní dřeně obsahující celkově 1 940 buněk. Implementovaný model Mask R-CNN umožňuje studovat popisné parametry charakterizující každou buňku zvláště za použití segmentačních masek odvozených z fázově kontrastních obrazů, které reprezentující celou buňku a tímto tedy zlepšuje automatickou kvantitativní analýzu buněk nacházejících se v kostní dřeni ve výzkumu dětské rakoviny.
- ItemQuality assurance of RNA-Seq workflows with spike-ins controls(Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, ) Drozd, Tomáš; Mehnen, Lars; Turk, AndreasSpike-in controls, jako je External RNA Controls Consortium (ERCC) nebo Spike-In RNA Variants (SIRV) od firmy Lexogen, se staly nezbytnými v odhadování technické variability. Protože SIRV E0 transcripty mají identickou koncentraci, jejich variabilita po sekvenaci lze použít k odvození technické variability z jednotlivých replikovaných vzorků. To je ekonomičtější než standardní přístup, který více replikovaných vzorků pro odhadování technické variability vyžaduje. Model DESeq, což je standardní nástroj pro analýzu rozdílné exprese genu, byl upraven na základě informací ze SIRV nebo ERCC pro odhad variability. Následně se odhadla pravděpodobnost změny na základě technické variability. Vysoká variabilita mezi SIRV transkripty byla zjištěna, což vedlo k jinému přístupu založenému na odhadu variability pro každý transkript samostatně. Tento inovativní přístup odhalil lepší výkon u datasetů, kde byla pro danou analýzu přítomna pouze technická variabilita pro určitý počet replikovaných vzorků pro danou fyziologickou skupinu (například nádorová a zdravá tkáň). Bylo pozorováno, že při zvýšení počtu vzorků vede k vyšší spolehlivosti pro odhad. Spike-ins, zejména SIRV, však zlepšil výkon analýzy než odhadu založeného na endogenních genech pro určitý počet replikovaných vzorků. Pro normalizaci technické variability je nutné provést další výzkum, aby bylo možné odhadnout významné změny v biologické variabilitě při sekvenaci RNA.
- ItemTelemetrie a dispečerské řízení mřížové sítě nízkého napětí(Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, ) Gála, Michal; Toman, Petr; Vaculík, PetrObsah diplomovej práce je úvod do problematiky mrežových sietí, spôsob dispečerského riadenia týchto sietí a popis technológie využitej v napájacích uzloch mrežových sietí mesta Brna. Ďalej sú v práci popísané nízkonapäťové rozvádzače použité v týchto mrežových sieťach. V práci je uvedený vývoj dispečerského riadenia spoločnosti ECD. Vývoj zachytáva spôsob dispečerského riadenia sietí pred nasadením systému OMS a zmeny, ktoré nastali po jeho nasadení. Taktiež sú v práci uvedené vylepšenia procesov nového systému, ktoré sú tiež výsledkom diplomovej práce. Vylepšenia sú zapracované do systému OMS a slúžia k efektívnejšiemu dispečerskému riadeniu sietí NN. Detailnejšie je v práci prevedený rozbor mrežovej siete Brno – Bohunice, ktorá je predmetom analýzy v praktickej časti práce. V rámci praktickej časti sú prevedené analýzy nameraných hodnôt ustáleného stavu a analýzy nameraných hodnôt poruchových stavov mrežovej siete. Analýzy posudzujú výkonové zaťaženie napájacích transformátorov, minimálny a maximálny fázový prúd a maximálne výkonové zaťaženie v pozorovanom čase. Analýza nameraných dát je taktiež doplnená o zhodnotenie rozdielu fázových hodnôt prúdu, rozdielu fázových a združených hodnôt napätia. Na základe výsledkov analýzy a spôsobe získania dát sa v práci nachádza návrh doplnenia funkcie rozvádzačov pre podporu dispečerského riadenia mrežovej siete Brno – Bohunice. V závere práce sa nachádza porovnanie výsledkov reálnej a teoretickej analýzy. V rámci teoretickej analýzy bol na základe vstupných parametrov siete vytvorený experimentálny model mrežovej siete Brno – Bohunice v programe PS CAD.
- ItemVytváření trenčů o submikronové šířce pro moderní výkonové součástky(Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, ) Bolcek, Martin; Szendiuch, Ivan; Jankovský, JaroslavTato diplomová práce je zaměřena na optimalizaci procesu fotolitografie při výrobě polovodičových výkonových součástek. V úvodu je popsán přechod kov-polovodič a s ním související příkopová Schottkyho dioda. Následně je uveden popis dílčích kroků procesu fotolitografie, který tvoří teoretický základ pro testování parametrů fotolitografie. Cílem diplomové práce je optimalizace nastavení procesu fotolitografie pro výrobu trenčů o šířce pod 0,5 µm a její ověření v rámci výrobního bloku struktury trenčů. Práce probíhala ve spolupráci s firmou ON Semiconductor Czech Republic, s.r.o. v Rožnově pod Radhoštěm.
- ItemAnténní pole pro pásmo Ku(Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, ) Prouza, Jakub; Raida, Zbyněk; Mikulášek, TomášTato diplomová práce se zabývá výběrem anténních prvků vhodných pro využití v širokopásmovém anténním poli pro radarové aplikace, následným návrhem a měřením prototypu anténního pole. Hlavními parametry navrhovaného anténního pole jsou zisk celé anténní struktury, šířka hlavního laloku a možnost elektronického řízení svazku v horizontální rovině. Následně je vytvořen numerický model vybraného anténního prvku, na kterém je ověřena vhodnost parametrů pro použití v anténním poli, a toto pole je následně také jako numerický model vytvořeno. Na reálném prototypu jsou následně ověřeny výsledky získané simulacemi.