LACINOVÁ, M. Detekce CNV v bakteriálních genomech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2019.
Studentka Michaela Lacinová se ve své práci zaměřila na vývoj metody detekce segmentů DNA s variabilním počtem kopií (CNV) v bakteriálních genomech. K tématu nastudovala odpovídající množství kvalitních převážně zahraničních literárních zdrojů a sepsala přehlednou literární rešerši. V praktické části práce navrhla a realizovala novou metodu detekce CNV, která inovativním způsobem založeným na signálovém zpracování kombinuje tři charakteristické parametry popisujících výskyt CNV v genomech: lokální extrémy v pokrytí genomu, nerovnoměrný obsah nukleotidů a rozložení vzdálených sekvenčních čtení. Návrh metodiky testuje na databázových sekvencích se simulovaným výskytem CNV. Sestavený detekční algoritmus verifikuje na 48 reálných záznamech genomů bakteriálních kmenů Klebsiella pneumoniae získaných z Dětské nemocnice FN Brno. V praktické části práce vytýkám místy nedostatečnou diskuzi získaných výsledků nebo vyvozování nepodložených závěrů např. v poslední kapitole jsou nevhodně vyvozeny souvislosti mezi detekcí CNV, typizací a mírou pokrytí genomu. Odborná stránka práce je místy zatížena zbytečně triviálními popisy postupu řešení (např. Obr. 17), nevhodnou interpretací výsledků (Obr. 25 – boxploty před a po t-testu), nebo neuvedením popisu a měřítka osy dendrogramů (Obr. 28, přílohy č. 2 a 3). I přes uvedené nedostatky hodnotím práci jako velmi přínosnou, a to zejména kvůli praktickému přínosu výsledků vedoucích k přesnější typizaci bakteriálních kmenů v rámci velmi konzervovaných nemocničních populacích. Po formální stránce je práce na velmi dobré úrovni. Aktivita studentky v řešení práce byla přiměřená.
Studentka Michaela Lacinová se ve své práci zabývá zajímavou tématikou detekce variability počtu kopií, což je sice rozvinuté téma bioinformatiky, ovšem pouze pro eukaryotní, především lidské, genomy. Studentka se ovšem zabývá detekcí v genomech bakteriálních, což je doposud málo prozkoumaná, s ohledem na šíření antibiotických rezistencí ovšem velmi důležitá oblast výzkumu. V teoretické části práce se studentka zabývá strukturní variabilitou a metodami sekvenace DNA a tato představuje solidní základ pro další práci. Chybí mi pouze podrobnější diskuse ploidie u prokaryotních organismů, která je v práci zmíněna pouze jednou větou, ze které ovšem vyplývá, že by mohla mít zásadní vliv na navržené metody. V rámci praktické části pak studentka navrhla vlastní metodu, kterou otestovala na uměle vytvořených a následně i reálných datech z FN Brno. Vlastní metoda skýtá dobrý potenciál a je poměrně široce testována na různé parametry, diskuse výsledků však není v mnoha ohledech ideální. Například nejsou uvedeny konkrétní hodnoty parametrů vedoucí k uvedeným výsledkům, třeba p-hodnoty t-testu, e-hodnoty z výsledků BLAST, či jaká hodnota rozptylu vzdálenosti párových čtení je „velká“. Z uvedených tabulek a obrázků pak na první pohled často nevyplývají závěry, které jsou v práci diskutované. Namátkou mohu uvést například obrázek 27, kdy z histogramu je spíš patrné, že hodnoty mají velký rozptyl, byť studentka diskutuje, že rozptyl je malý. Nikde v práci ovšem tento rozptyl není uvedený a mohu tedy pouze hádat. V obrázku je taky nastaven nějaký práh, který ale žádným logickým způsobem nemůže prahovat rozptyl hodnot a je tedy velmi nejasné, i vzhledem k diskusi, co je tímto myšleno. Po formální stránce obsahuje práce několik menších prohřešků, nejvíce mi vadí ne úplně ideální práce s literaturou, kdy studentka odkazuje celé odstavce, uvedené reference se pak velmi těžko spojují s konkrétními fakty. Bylo pro mě těžké dohledat reference na některé konkrétní nástroje, nakonec však věřím, že jsou v práci uvedeny všechny. Jindy mi zas nebylo patrné, která konkrétní tvrzení jsou převzatá, a která naopak vyplývají z vlastních výsledků studentky. Zvláštní je pak systematické používání výrazu „sekvenční čtení“, kterým je myšleno „sekvenační čtení“. Nicméně v ostatních ohledech je práce psaná srozumitelně a je prosta překlepů. Přes výše uvedené výtky považuji práci za solidní inženýrské dílo přinášející posun v oblasti detekce CNV v bakteriích.
eVSKP id 118356