Genotypizace kmenů bakterie Klebsiella pneumoniae

Abstract

Tato diplomová práce se zabývá typizací kmenů bakterie Klebsiella pneumoniae. V první části jsou představeny metody typizace včetně jejich výhod a nevýhod. Následně je charakterizován bakteriální genom a popsána bakterie Klebsiella pneumoniae. V praktické části je uveden postup složení jednotlivých genomů včetně otestování jejich kvality a je představen navržený algoritmus pro nalezení variabilních úseků genů, které vykazují vyšší míru variability. Poté jsou uvedeny získané výsledky, které jsou následně otestovány na dalších genomech Klebsiella pneumoniae.This master thesis deals with typing of Klebsiella pneumoniae isolates. The first part of the thesis introduces molecular typing methods. Then bacterial genomes and Klebsiella pneumoniae are characterized. Following part describes data validation, assembly of genomes and proposed algorithm for finding genes with high variability. In last part obtained results are presented and validated on other genomes of Klebsiella pneumoniae.