JAKUBÍČKOVÁ, M. Genotypizace kmenů bakterie Klebsiella pneumoniae [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.
Diplomová práce studentky Markéty Nykrýnové je vypracována na 32 stranách od úvodu po závěr, dále 7 stran tištěných příloh obsahující výsledky a vývojový diagram. Ač je rozsah práce spíše malý, práce je jinak napsána velmi kvalitně, obsahuje všechny klíčové části, postup řešení je srozumitelný a výsledky dostatečně popsány a diskutovány. Byly splněny všechny body zadání. Studentka je schopná velmi dobře pracovat s anglicky psanou odbornou literaturou, kam spadají téměř všechny jí citované zdroje literatury. Po formální stránce nemám žádných velkých výtek, překlepů a gramatických chyb je minimálně. Po odborné stránce je práce taktéž velmi kvalitní, jen u kapitoly 3.5.5 Fylogenetická analýza a 3.5.6 Teplota tání postrádám vysvětlení, proč jsou kroky prováděny. Studentka práci pravidelně konzultovala a přistupovala k řešení zodpovědně a aktivně. Práce vznikla ve spolupráci se Sekcí oportunních infekcí FN Brno, která poskytla sekvenační data. Výstupem práce je metodika určení variabilních úseků genů bakterií, přičemž metodika byla otestována na liniích bakterie Klebsiella pneumoniae. Na základě identifikovaných variabilních úseků budou mikrobiologové schopni vylepšit metodu mini-MLST pro rychlou a levnou identifikaci bakterií. Studentka práci prezentovala na studentské soutěži EEICT a bude ji formou přenášky prezentovat na mezinárodní konferenci Information Technologies in Biomedicine v Polsku. Tuto kvalitní práci doporučuji k obhajobě s hodnocením A, 95 bodů.
Studentka Markéta Nykrýnová se ve své práci věnuje výběru vhodných genů, které by mohly sloužit k rychlé genotypizaci kmenů bakterie Klebsiella pneumoniae v nemocničním prostředí. Přitom využívá sekvencí 36 kmenů izolovaných a osekvenovaných ve FN Brno. V úvodní teoretické části práce studentka popisuje různé metody, které se k typizaci bakterií používají. Byť je tato část poměrně stručná, je psaná věcně a žádné zásadní informace v ní nepostrádám. Zbytečně stručná je i praktická část práce, která mohla být více diskutovaná, hlavně uvedené obrázky, neboť diplomová práce poskytuje v tomto ohledu dostatek prostoru. Svojí formou se tedy text blíží spíše vědeckému článku v odborném periodiku. Na druhou stranu je díky tomu text zaměřený na výsledky, které jsou vhodně shrnuté, a po odborné stránce k nim nemám připomínek až na analýzu spojenou s maticemi zmatení v Tab 3.6 a 3.7. Z uvedených údajů lze vypočítat například sensitivitu, specificitu a celkovou správnost. Místo toho v práci studentka uvádí průměr ze správně klasifikovaných melt typů v jednotlivých skupinách, což je parametr s nulovou výpovědní hodnotou. Celkově však výsledky ukazují, že algoritmus pro výběr vhodných genů pro genotypizaci, který studentka navrhla, funguje velmi dobře. Po formální stránce vykazuje práce dobrou stylistickou úroveň a pouze minimum překlepů. Není však úplně vhodné dělit slova v nadpisech, jako k tomu došlo u kapitoly 3. Hlavní formální nedostatek tedy vidím v práci s literaturou, kdy citace jsou uváděny za celými odstavci, ještě navíc diskutabilní formou, kdy je každý odkaz zvlášť v hranatých závorkách. Vzhledem k formě práce připomínající článek by bylo vhodnější citovat jednotlivá fakta. Poslední připomínku mám ke značení kmenů, které se na rozdíl od rodového a druhového jména nepíše kurzívou. Uvedené výtky jsou tedy především formálního charakteru. Zadání práce považuji za bezezbytku splněné a věřím, že se zjištěné poznatky podaří zavést do klinické praxe. Práci proto doporučuji k obhajobě a hodím jakou výbornou.
eVSKP id 110560