Program find_variable_parts lze spustit pomocí uvedeného příkazu:
[empty_genes, missing_gene_in_sequence, variable_parts, variable_parts_structure] = find_variable_parts(24, 4)

Pro zrychlení opakované použití programu byla nejprve pomocí skriptu count_alignment vypočtena jednotlivá zarovnání, která jsou
následně v programu find_variable_parts nahrávána. 