Probing natural molecules with PPAR- to reveal potent agonist against Cancer

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Radovan Jiřík, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Valentýna Provazník, Ph.D. (místopředseda) Ing. Tomáš Vičar, Ph.D. (člen) Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Oponent položil otázku: Jaké budou navazující kroky na tento výzkum? Prof. Provazník položila otázku: Pokud by byla jedna z látek syntetická, musela byste ji uměle vytvořit? Ing. Vičar položil otázku: Jaká je šance budoucího úspěchu jako medikamentu? Prof. Provazník položila otázku: Proč jste vybrala konkrétní referenční lárky? Doc. Jiřík položil otázku: Co bylo náplní praktické části a co jste v rámci ní provedla? Doc. Sedlář položil otázku: Přinesla nějaké pozitivní výsledky toxicita zmíněná v práci? Student obhájil diplomovou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykangličtina (English)
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorRoy, Sudeepen
dc.contributor.authorŠpaková, Adriánaen
dc.contributor.refereeBhogal, Inderjeeten
dc.date.created2024cs
dc.description.abstractPráca sa zaoberá hľadaním prírodnej molekuly s potenciálnymi agonistickými vlastnosťami proti rakovine. Cieľom práce bolo predovšetkým pochopiť súvislosť medzi receptorom PPAR- a rakovinou. Následne boli molekuly zo šiestich databáz virtuálne skrínované a dokované k nukleárnemu receptoru PPAR- za využitia počítačom podporovaného dizajnu liečiv. Najlepšie molekuly podstúpili ďalšie preskúmanie, vrátane dynamickej simulácie a štúdie viazania voľnej energie. Overenie bezpečnosti najlepších molekúl bolo vykonané predikčnými modelmi ADMET. Dôležitou súčasťou práce bolo porovnanie novoobjavených molekúl disponujúcich agonistickými vlastnosťami proti rakovine s už známymi na trhu. Konkrétne Troglitazón a Rosiglitazón slúžili ako štandardy, ktoré sa vyznačujú vysokou afinitou k receptoru PPAR- a prejavili antineoplastické účinky v rôznych ľudských malígnych nádoroch, vrátane rakoviny prsníka, hrubého čreva a pankreasu. Na druhej strane, tieto dve syntetické molekuly čelia varovaniu zo strany FDA (Úrad pre potraviny a liečivá) v dôsledku ich nepriaznivých vedľajších účinkov. V rámci práce sa podarilo objaviť prírodné molekuly, ktoré vykázali lepšie vlastnosti ako aktuálne štandardy. Tieto sľubné výsledky si zaslúžia ďalšiu pozornosť. Jedna z molekúl by mohla potenciálne viesť k vývoju nového lieku.en
dc.description.abstractThe work focuses on searching for a natural molecule with potential agonistic properties against cancer. The aim of the work was primarily to understand the connection between the peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPAR-) and cancer. Subsequently, molecules from six databases were virtually screened and docked to nuclear receptor PPAR- by using computer aided drug design approach. Hits underwent further exploration, including a dynamic simulation and binding free energy study. Safety verification of the best molecules was performed by ADMET prediction models. An important part of the work was the comparison of newly discovered molecules possessing agonistic properties against cancer with those already known on the market. Specifically, Troglitazone and Rosiglitazone have served as standards, characterized by their high affinity to the PPAR- receptor and demonstrated antineoplastic effects in various human malignant tumors, including breast, colorectal, and pancreatic cancer. On the other hand, these two synthetic molecules face a warning from the FDA (Food and Drug Administration) due to their adverse side effects. Within the study, natural molecules with better properties than the current standards have been discovered. These promising results deserve further attention. One of these molecules could potentially lead to the development of a new drug.cs
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationŠPAKOVÁ, A. Probing natural molecules with PPAR- to reveal potent agonist against Cancer [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.cs
dc.identifier.other159765cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/246231
dc.language.isoencs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectRakovinaen
dc.subjectPPAR-en
dc.subjectcieľen
dc.subjectprírodné molekulyen
dc.subjectliganden
dc.subjectvirtuálny skríningen
dc.subjectmolekulárne dokovanieen
dc.subjectdynamická simuláciaen
dc.subjectviazanie voľnej energieen
dc.subjectADMETen
dc.subjectCancercs
dc.subjectPPAR-cs
dc.subjecttargetcs
dc.subjectnatural moleculescs
dc.subjectligandcs
dc.subjectvirtual screeningcs
dc.subjectmolecular dockingcs
dc.subjectdynamic simulationcs
dc.subjectbinding free energycs
dc.subjectADMETcs
dc.titleProbing natural molecules with PPAR- to reveal potent agonist against Canceren
dc.title.alternativeProbing natural molecules with PPAR- to reveal potent agonist against Cancercs
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2024-06-10cs
dcterms.modified2024-06-11-09:05:49cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid159765en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 14:42:25en
sync.item.modts2025.01.15 21:00:40en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
11.47 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
file final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.pdf
Size:
492.22 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
file appendix-1.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
review_159765.html
Size:
6.76 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_159765.html
Download
Collections
2024