Zpracování a analýza lidského střevního mikrobiomu ze sekvenačních dat 16S rDNA
Loading...
Date
Authors
Zbudilová, Michaela
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato bakalářská práce se zabývá analýzou lidského střevního mikrobiomu z dat ze 16S rRNA. V první části je teoreticky popsán střevní mikrobiom, způsoby jeho zpracování a vyhodnocení pomocí analýzy taxonomických jednotek a diverzity mikrobiomu. Další část je zaměřena na data, která jsou v práci zpracována a na formát, v jakém jsou tyto data poskytnuta. V třetí části je popsán navržený algoritmus sloužící ke zpracování dat a zároveň jsou i vyhodnoceny výsledky získané spuštěním právě tohoto algoritmu. V další části práce jsou vzorky z Fakultní nemocnice Brno zpracovány pomocí navrženého algoritmu. Poslední část práce se zabývá popisem skriptu sloužícím ke generování reportů, které mohou být využity k diagnostickým účelům ve Fakultní nemocnici Brno.
This bachelor´s thesis deals with the analysis of the human intestinal microbiome from 16S rRNA data. In the first part, the intestinal microbiome is theoretically described, and then the methods of its processing and evaluation using analysis of taxonomic categories and sample diversity are mentioned. The second part focuses on the data processed in the thesis and the format in which those data are provided. In the third part, the proposed algorithm used to process the data is described, and the results obtained by running this algorithm are evaluated. In the fourth part of the thesis, the samples from the University Hospital Brno are processed using the proposed algorithm. The last part of the thesis focuses on the script, which is used to generate the reports which can be used for diagnostic purposes in the University Hospital Brno.
This bachelor´s thesis deals with the analysis of the human intestinal microbiome from 16S rRNA data. In the first part, the intestinal microbiome is theoretically described, and then the methods of its processing and evaluation using analysis of taxonomic categories and sample diversity are mentioned. The second part focuses on the data processed in the thesis and the format in which those data are provided. In the third part, the proposed algorithm used to process the data is described, and the results obtained by running this algorithm are evaluated. In the fourth part of the thesis, the samples from the University Hospital Brno are processed using the proposed algorithm. The last part of the thesis focuses on the script, which is used to generate the reports which can be used for diagnostic purposes in the University Hospital Brno.
Description
Citation
ZBUDILOVÁ, M. Zpracování a analýza lidského střevního mikrobiomu ze sekvenačních dat 16S rDNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (místopředseda)
prof. MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (člen)
Ing. Kateřina Šabatová (člen)
Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen)
Ing. Andrea Němcová, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2023-06-14
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Hozman položil otázku: Jak byste shrnula přínos Vaší práce? Jak se dá ověřit váš výsledek? Ing. Jurečková položila otázku: Jaká byla zpětná vazba na Vaše výsledky s FN Brno?
Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení