Dashboard pro hodnocení výsledků metatranskriptomické analýzy nástroji bioBakery

Abstract

Metatranskriptomická analýza poskytuje informaci o právě exprimovaných genech organismu v době odebrání analyzovaného vzorku. Rozmach zkoumání genů přišel s vývojem sekvenačních technologií a technologickým pokrokem. Tato práce pojednává o nukleových kyselinách a jejich významu v genetice. Zabývá se pojmy metatranskriptom, metagenom a mikrobiom. Popisuje metodu sekvenování od značky Illumina a představuje software vhodný pro metatranskriptomickou analýzu. Následně práce zahrnuje vytvoření testovacího datasetu, vytvoření dashboardu pro vizualizaci dat a vyzkoušení tohoto dashboardu na testovacím datasetu.Metatranscriptomic analysis provides information about the currently expressed genes of an organism at the time the sample is collected. The boom in the study of genes came with the development of sequencing technologies and other technological advances. This thesis discusses nucleic acids and their importance in genetics. It explores the concepts of metatranscriptome, metagenome and microbiome. It describes the Illumina sequencing method and introduces software suitable for metatranscriptomic analysis. Subsequently, the work includes the creation of a test dataset, the creation of a dashboard for data visualization, and the testing of this dashboard using the test dataset.