Dashboard pro hodnocení výsledků metatranskriptomické analýzy nástroji bioBakery
Loading...
Date
Authors
Hýl, Jan
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Metatranskriptomická analýza poskytuje informaci o právě exprimovaných genech organismu v době odebrání analyzovaného vzorku. Rozmach zkoumání genů přišel s vývojem sekvenačních technologií a technologickým pokrokem. Tato práce pojednává o nukleových kyselinách a jejich významu v genetice. Zabývá se pojmy metatranskriptom, metagenom a mikrobiom. Popisuje metodu sekvenování od značky Illumina a představuje software vhodný pro metatranskriptomickou analýzu. Následně práce zahrnuje vytvoření testovacího datasetu, vytvoření dashboardu pro vizualizaci dat a vyzkoušení tohoto dashboardu na testovacím datasetu.
Metatranscriptomic analysis provides information about the currently expressed genes of an organism at the time the sample is collected. The boom in the study of genes came with the development of sequencing technologies and other technological advances. This thesis discusses nucleic acids and their importance in genetics. It explores the concepts of metatranscriptome, metagenome and microbiome. It describes the Illumina sequencing method and introduces software suitable for metatranscriptomic analysis. Subsequently, the work includes the creation of a test dataset, the creation of a dashboard for data visualization, and the testing of this dashboard using the test dataset.
Metatranscriptomic analysis provides information about the currently expressed genes of an organism at the time the sample is collected. The boom in the study of genes came with the development of sequencing technologies and other technological advances. This thesis discusses nucleic acids and their importance in genetics. It explores the concepts of metatranscriptome, metagenome and microbiome. It describes the Illumina sequencing method and introduces software suitable for metatranscriptomic analysis. Subsequently, the work includes the creation of a test dataset, the creation of a dashboard for data visualization, and the testing of this dashboard using the test dataset.
Description
Citation
HÝL, J. Dashboard pro hodnocení výsledků metatranskriptomické analýzy nástroji bioBakery [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
prof. Ing. Martin Augustynek, Ph.D. (předseda)
Ing. Martin Mézl, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Kateřina Šabatová (člen)
Ing. Martin Vítek, Ph.D. (člen)
MUDr. Tibor Stračina, Ph.D. (člen)
Ing. Petra Novotná (člen)
Date of acceptance
2024-06-12
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Ing. Novotná se zeptala na výběr programovacího jazyka.
Student úspěšně složil státní závěrečnou zkoušku a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení