HÝL, J. Dashboard pro hodnocení výsledků metatranskriptomické analýzy nástroji bioBakery [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Bakalářská práce se zaobírá poměrně novým a aktuálním tématem zpracování metatranskriptomických analýz pomocí sekvenačních technologií. V úvodu práce poskytuje vyčerpávající přehled použitých pojmů a metod. Tento přehled ukazuje vhled a orientaci se v tématu. V rámci práce student sestavil dataset z volně dostupných sekvenančích běhů a navrhl postup zpracování. Ne zcela triviální zpracování, včetně kontroly kvality dat a preprocessingu, poté implementoval v rámci výpočetního gridového prostředí metacentra. Nad standardními výstupy zpracování dat nástrtoji BioBakery pak staví vizualizační dashboard, umožňující nejen náhled na data jako taková, ale také jejich filtraci, normalizaci, zaměření se na konkrétní taxonomickou úroveň a spočítání základních popisných a analytických statistik. Navržený dashboard pak implementuje v prostředí streamlit a včetně dokumentace a popisu spuštění jej pak publikuje na platformě GitHub. Dashboard je díky vhodné implementaci možné provozovat jak lokálně, tak v rámci serverového běhu a tím umožňuje snadnou škálovatelnost dle potřeb konkrétního uživatele. Celkově práci hodnotím jako velmi zdařilou, student prokázal schopnost samostatně pracovat a zorientovat se ve složité problematice analýz metatranskriptomu. Velmi oceňuji pak kvalitu přiloženého programového zpracování. Práci doporučuji k obhajobě a navrhuji hodnocení A/100b.
Předložená bakalářská práce pojednává o nástroji pro hodnocení a vizualizaci výsledků metatranskriptomické analýzy pomocí nástrojů BioBakery. Od úvodu po závěr má práce 37 stran a cituje celkem 30 literárních zdrojů převážně zahraničních odborných článků. Literární rešerše se věnuje nejprve vybraným pojmům spojených s centrálním dogma molekulární biologie se zaměřením na specifika eukaryotických organismů, přičemž se práce zabývá zejména prokaryoty. Dále je rešerše zaměřena na metatranskriptomiku a metody pro její analýzu. Jednotlivé části ovšem vhodně nenavazují. U kapitoly 4.3 („Ostatní metody“) není vysvětleno, jak vybrané metody souvisejí s metatranskriptomem, podkapitola 4.3.4 neuvádí žádnou referenci, a navíc je celá fakticky špatně. Některé pojmy jsou bohužel špatně nebo nedostatečně vysvětleny, tudíž některé věty jsou zavádějící nebo zcela milné např. vysvětlení pojmů exon/intron, název kapitoly 4.1 „Získání RNA-Seq ze vzorků“, slovní spojení „databáze NCBI„, „kódovací sekvence, nekódovací RNA a tRNA“ nebo např. věta „Kvantifikace genetického materiálu - můžeme využít například metodu qPCR, abychom zjistili počet párů bází ve vzorku.“. V praktické části se pak student zaměřil na návrh a implementaci dashborardu pro vizualizace výstupů z nástrojů MetaPhlAn 4 a HUMANnN 3. Nástroj je velice intuitivní, rychlý a poskytuje mnoho užitečných vizualizačních technik. Oceňuji také podrobnou dokumentaci kódu, výstižné README a popis všech ovládacích prvků v samotné práci. Po formální stránce je sice práce na dobré úrovni, ale objevují se jisté prohřešky, např. na tabulku 1.1 není v textu odkazováno; v textu jsou zmíněna tlačítka označená čísly 4 a 5, ale chybí odkaz na tomu odpovídající obrázek 7.1; u obrázků 7.4 a 7.5 jsou prohozeny legendy. Jazyková úroveň je přijatelná, ale dochází ke střídání trpného rodu a singuláru množného čísla v textu celé práce, a místy se objevují nespisovné a neodborné výrazy. Jelikož je téma bakalářské práce zaměřeno spíše prakticky a jejím hlavním výstupem velice povedený nástroj pro metatranskriptomickou analýzu, hodnotím práci stupněm velmi dobře B (85 bodů).
eVSKP id 159693