Bioinformatická analýza PHA syntáz u termofilních bakterií

but.committeeprof. Ing. Miloslav Pekař, CSc. (předseda) prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (místopředseda) doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (člen) doc. Ing. Petr Dzik, Ph.D. (člen) prof. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen) prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (člen)cs
but.defenceObhajoba proběhla podle následujícího schématu: prezentace studentky-vyjádření vedoucí/ho-oponentský posudek-reakce na posudek-diskuse s komisí. Studentka přednesla výborný výtah výsledků své diplomové práce, řádně zodpověděla všechny dotazy oponentské i členů komise, pohotově reagovala na připomínky. V diskusi tak studentka prokázala výbornou schopnost orientace v teoretických i praktických základech problematiky diplomové práce. Komise zhodnotila její diplomovou práci celkově jako výbornou. Márová: Jaké další potenciální geny respektive enzymy jste při vaší analýze identifikovali? Jaká je korelace mezi přítomností genu a skutečnou produkcí PHA? Jaké jsou příčiny pro sníženou expresi genu? Může nastat situace, že kmen produkuje PHA ale nepodaří se prokázat přítomnost genu?cs
but.jazykslovenština (Slovak)
but.programChemie pro medicínské aplikacecs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorObruča, Stanislavsk
dc.contributor.authorBrondová, Zuzanask
dc.contributor.refereeBrázda, Václavsk
dc.date.created2021cs
dc.description.abstractDiplomová práca za zaoberala bioinformatickou analýzou, ktorej cieľom bolo nájsť vhodného producenta PHA pre priemyselné biotechnológie novej generácie zo zbierky nájdených termofilných baktérií. Súčasťou experimentálnej časti bolo nájdenie niekoľko termofilných baktérií na základe podobnosti proteínovej sekvencie génu phaC baktérie Cupriavidus necator. Ďalšou časťou práce bola literárna rešerš schopností týchto termofilných baktérií zameraná na kultivačné podmienky a spektrum využiteľných substrátov. Následne na základe získaných informácií bolo vybratých päť bakteriálnych kmeňov, ktoré splňujú podmienky pre použitie v NGIB. Počas experimentálnej práci boli použité voľne dostupné databázy, pričom evolučná analýzy bola vykonaná v programe MEGA X a Operon-mapper. Za najideálnejšieho potencionálneho producenta PHA v NGIB bol zo zbierky nájdených bakteriálnych kmeňov vybratý Rubrobacter xylanophilus so zbierkovým číslom DSM 9941. Rozhodujúcimi údajmi bola považovaná vysoká kultivačná teplota dosahujúca až 70 °C a veľké množstvo utilizovaných sacharidových substrátov. Zaujímavým výsledkom analýzy Rubrobacter xylanophilus bolo nájdenie sekvencií génu dvoch tried PHA syntázy – I. a III. triedu, ako u jediného bakteriálneho kmeňa z celej zbierky. Pri analýze genómu boli nájdené ďalšie gény napojené na metabolizmus PHA.sk
dc.description.abstractThe thesis deals with bioinformatics analysis, the aim of which was to find a suitable producer of PHA for new generation industrial biotechnologies from the collection of found thermophilic bacteria. Part of experiments was the finding of several thermophilic bacteria based on the similarity of the protein sequence of the phaC gene of the bacterium Cupriavidus necator. The next part of thesis was a literature search of the abilities of these thermophilic bacteria focused on culture conditions and the spectrum of usable substrates. Subsequently, five bacteria were selected for use in NGBI based on the information obtained. Freely available databases were used during the experimental work, and evolutionary analysis were performed in MEGA X and Operon-mapper. Rubrobacter xylanophilus with collection number DSM 9941 was selected from the collection of bacterial strains as the most promising PHA producer for NGIB. The high culture temperature of up to 70 ° C and a large amount of utilized carbohydrate substrates were considered decisive. An interesting result of the analysis was to find the gene sequences of two classes of PHA synthase – I. and III. class, as for a single bacterial strain from the entire collection. Additional genes linked to PHA metabolism were found in genome analysis.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationBRONDOVÁ, Z. Bioinformatická analýza PHA syntáz u termofilních bakterií [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2021.cs
dc.identifier.other131513cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/201383
dc.language.isoskcs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta chemickács
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectTermofilné baktériesk
dc.subjectPHA syntázask
dc.subjectphaC génsk
dc.subjectPriemyselné biotechnológie novej generáciesk
dc.subjectbioinformatická analýzask
dc.subjectMEGA Xsk
dc.subjectOperon-mappersk
dc.subjectThermophilic bacteriaen
dc.subjectPHA synthaseen
dc.subjectphaC geneen
dc.subjectNext-Generation Industrial Biotechnologyen
dc.subjectbioinformatics analysisen
dc.subjectMEGA Xen
dc.subjectOperon-mapperen
dc.titleBioinformatická analýza PHA syntáz u termofilních bakteriísk
dc.title.alternativeBioinformatic analysis of PHA synthases of thermophilic bacteriaen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2021-09-01cs
dcterms.modified2021-09-01-18:33:46cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta chemickács
sync.item.dbid131513en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 09:56:37en
sync.item.modts2025.01.15 22:48:05en
thesis.disciplineChemie pro medicínské aplikacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. Ústav fyzikální a spotřební chemiecs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 2 of 2
Loading...
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
1.67 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Loading...
Thumbnail Image
Name:
review_131513.html
Size:
9.13 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_131513.html
Collections