BRONDOVÁ, Z. Bioinformatická analýza PHA syntáz u termofilních bakterií [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2021.
Ve své diplomové práci se Bc. Zuzana Brondová věnovala podrobné literární rešerši, a především bioinformatické analýze PHA produkujících termofilních prokaryot. Cílem práce bylo sumarizovat vědomosti v této oblasti a identifikovat nejslibnější termofilní producenty PHA, kteří budou v nezavazujících experimentech otestováni v kontextu jejich biotechnologického potenciálu pro produkci PHA. Úspěšné zvládnutí vytyčených úkolů vyžadovalo zvládnutí práce s veřejnými bioinfromatickými databázemi a výbornou orientaci v původní taxonomické literatuře. Všechny nezbytné dovednosti si studentka brzy osvojila a byla schopná identifikovat produkci PHA na úrovni genotypu nebo fenotypu u cca 40 termofilních bakterií. Následně studentka provedla podrobnou rešerši vybraných metabolických parametrů identifikovaných kmenů a identifikovala nejslibnější kandidáty pro následující experimenty. Zároveň provedla bioinformatickou analýzu genů zapojených do metabolismu PHA u vybraných kmenů a jeiích klustrování do operonů a také se pokusila zamyslet se nad evolučním významem produkce PHA u termofilů. Během realizace své diplomové práce studentka přistupovala ke všem dílčím úkolům velice pečlivě a svědomitě, využívala konzultace s vedoucím i konzultantem práce, ale zároveň osvědčila schopnost samostatné práce a úsudku. Také práce na textové části práce probíhaly podle plánu a dílčí cíle byly vždy splněny v daném termínu. Z mého pohledu jsou výsledky práce velice zajímavé a budou dále rozvíjeny jak v následných bioinformatických analýzách tak i v experimentální práci. Na základě výše uvedeného diplomovou práci doporučuji k obhajobě a hodnotím známkou A.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Studium literatury a její zpracování | A | ||
| Využití poznatků z literatury | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | A | ||
| Závěry práce a jejich formulace | A | ||
| Využívání konzultací při řešení práce | A | ||
| Celkový přístup k řešení úkolů | A |
Ve své diplomové práci se Zuzana Broncová věnovala bioinformatické analýze PHA syntáz. Vzhledem k tomu, že u celé řady organismů nejsou tyto enzymy charakterizovány, jedná se o originální práci. Diplomová práce je klasicky rozvržena, úvod je na 20 stranách a experimentální část na cca 30ti stranách. Práce je čtivě napsaná, jen některé informace nejsou detailně vysvětleny a nejsou zcela aktuální. Autorka píše o genomových databázích a uvádí, že: „V prípade aktívneho používateľa dát z týchto databáz je výhodne si zaobstarať kompletné vydanie celej databázy.“ – má samozřejmě pravdu, že je to výhodné, ale díky obrovskému nárůstu sekvenačních dat to bylo prakticky možné možná před dvaceti a více lety. Také chybí vysvětlení některých bioinformatických zkratek. Celkově je práce velmi hezky a systematicky napsaná a doporučuji ji k obhajobě a navrhuji zmánku A. K práci mám následujícící dotazy: 1. Jaké množství dat je aktuálně v největších genomových databázích? 2. Co znamená zkratka BLAST? 3. V tabulce 4 uvádíte ve sloupci phaC gen pouze „plus“ nebo „minus“. Obvyklé je uvádět vždy % homologie se srovnávaným genem. Byl u všech organismů přítomný vždy pouze jeden homolog?
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Logické členění práce | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | B | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | B | ||
| Využití literatury a její citace | A | ||
| Úroveň jazykového zpracování | A | ||
| Formální úroveň práce – celkový dojem | A | ||
| Závěry práce a jejich formulace | A |
eVSKP id 131513