Emergentní vlastnosti sítě G1/S
Loading...
Date
Authors
Dražková, Jana
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství
Abstract
Tato práce se zabývá buněčným cyklem kvasinky Saccgaromyces cerevisiae. Oblastí našeho zájmu je přechod mezi G1 a S fází, kde je naším cílem identifikovat velikosti buňky v době počátku DNA replikace. Nejprve se věnujeme nedávno publikovanému matematickému modelu, který popisuje mechanismy vedoucí k S fázi. Práce poskytuje detailní popis tohoto modelu, stejně jako časový průběh některých důležitých proteinů či jejich sloučenin. Dále se zabýváme pravděpodobnostním modelem aktivace replikačních počátků DNA. Nově uvažujeme vliv šíření DNA replikace mezi sousedícími počátky a analyzujeme jeho důsledky. Poskytujeme také senzitivní analýzu kritické velikosti buňky vzhledem ke konstantám popisujícím dynamiku reakcí v modelu G1/S přechodu.
In this thesis we deal with the cell cycle of the yeast Saccharomyces cerevisiae. We are interested in its G1 to S transition, and our main goal is to determine the cell size at the onset of its DNA replication. At first, we study a recent mathematical model describing the mechanisms leading to the S phase, we provide its detailed description and present the dynamics of some significant protein and protein complexes. Further, we take a closer look at the probabilistic model for firing of DNA replication origins. We newly consider the influence of DNA replication spreading among neighboring origins, and we analyze its consequences. We also provide a sensitivity analysis of the critical cell size with respect to rate constants of G1 to S transition model.
In this thesis we deal with the cell cycle of the yeast Saccharomyces cerevisiae. We are interested in its G1 to S transition, and our main goal is to determine the cell size at the onset of its DNA replication. At first, we study a recent mathematical model describing the mechanisms leading to the S phase, we provide its detailed description and present the dynamics of some significant protein and protein complexes. Further, we take a closer look at the probabilistic model for firing of DNA replication origins. We newly consider the influence of DNA replication spreading among neighboring origins, and we analyze its consequences. We also provide a sensitivity analysis of the critical cell size with respect to rate constants of G1 to S transition model.
Description
Citation
DRAŽKOVÁ, J. Emergentní vlastnosti sítě G1/S [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství. 2010.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
Matematické inženýrství
Comittee
prof. RNDr. Jan Chvalina, DrSc. (předseda)
prof. RNDr. Josef Šlapal, CSc. (místopředseda)
doc. RNDr. Bohumil Maroš, CSc. (člen)
doc. RNDr. Libor Čermák, CSc. (člen)
doc. RNDr. Jaroslav Michálek, CSc. (člen)
Prof. Bruno Rubino (člen)
Prof. Amabile Tatone (člen)
Date of acceptance
2010-06-23
Defence
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení