Analýza inverzních repetic v genomu lidských patogenů

Abstract

Patogeny jsou organismy, které jsou příčinou různých onemocnění hostitele. Patří zde: priony, viry, bakterie, houby, prvoci a živočichové. Tato bakalářská práce je zaměřená konkrétně na viry, způsobující lidská onemocnění jako jsou závažné respirační syndromy, onemocnění jater či rakovina děložního čípku. Cílem této bakalářské práce bylo pomocí webové aplikace Palindrome analyser charakterizovat přítomnost a umístění inverzních repetic v genomech organismů, které jsou patogenní pro lidský organismus. Byly vybrány 4 viry, z nichž dva jsou ze skupiny DNA virů a dva ze skupiny RNA virů. S ohledem na propuknutí pandemie na začátku roku 2020, kterou způsobil virus SARS-CoV-2, je v této bakalářské práci zařazen. Z RNA virů byly tedy vybrány: SARS-CoV a SARS-CoV-2. Z DNA virů byly vybrány: virus Hepatitis B a lidský papilomavirus. Sekvence virových genomů byly získány z databáze NCBI (National Center for Biotechnology). Poté byly pomocí programu Palindrome analyser, který je dostupný online, analyzovány všechny čtyři viry na přítomnost inverzních repetic, jejich polohu a velikost. Největším genomem byl SARS-CoV-2 s velikostí 29 903 bp, který měl zároveň nejvíce inverzních repetic.Pathogens are organisms that cause various host diseases. These include prions, viruses, bacteria, fungi, protozoa and animals. This bachelor thesis is focused specifically on viruses causing human diseases such as severe respiratory syndromes, liver diseases or cervical cancer. The aim of this bachelor thesis was to characterize the presence and location of inverted repeats in the genomes of organism using the web application Palindrome analyzer. Four viruses were selected, two of them are from the group of DNA viruses and two from the group of RNA viruses. In view of the outbreak of a pandemic in early 2020 caused by virus SARSCoV-2, is included in this bachelor thesis. Thus, SARS-CoV and SARS-CoV-2 were selected from RNA viruses and hepatitis B virus and human papillomavirus were selected from the DNA viruses. The sequences of the viral genomes were obtained from the NCBI (National Center for Biotechnology) database. Then, all four viruses were analyzed for the presence of inverse repeats, their location and size using the Palindrome analyzer, which is available online. The largest genome was SARS-CoV-2 of 29 903 bp, which also had the most inverse repeats.