Systém pro zpracovaní skóre z metod identifikace proteinů v tandemové hmotnostní spektrometrii
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Cílem práce bylo nalezení metody generující jeden určující parametr pro sjednocení výsledků z různých nástrojů identifikace proteinů v tandemové hmotnostní spektrometrii. Data na výstupu z hmotnostního spektrometru jsou zpracována ve dvou na sobě nezávislých nástrojích Mascot a X!Tandem. Výsledky jsou pak navrženou metodou zpracovány a unifikovány jediným parametrem jednoznačně určujícím identifikaci nalezených proteinů. Navržený skórovací parametr se označuje jako Metaskóre a je výstupem metody, která byla implementována v prostředí MATLAB a prakticky ověřena na reálných datech z veřejně přístupné databáze.
The goal of my diploma thesis was finding a suitable method for unifying score values from various protein identification search tools in MS/MS mass spectrometry into one single score value. Data coming from the output of mass spectrometer are processed in two independent search tools Mascot and X!Tandem. These were selected especially for their wide usage in proteomic labs. Both results are evaluated through newly designed function and unified by single valued score clearly identifying found proteins. Newly designed scoring value is called Matascore and function producing this score was implemented in MATLAB. Function and its results were successfully tested by real data available in public databases on the Internet.
The goal of my diploma thesis was finding a suitable method for unifying score values from various protein identification search tools in MS/MS mass spectrometry into one single score value. Data coming from the output of mass spectrometer are processed in two independent search tools Mascot and X!Tandem. These were selected especially for their wide usage in proteomic labs. Both results are evaluated through newly designed function and unified by single valued score clearly identifying found proteins. Newly designed scoring value is called Matascore and function producing this score was implemented in MATLAB. Function and its results were successfully tested by real data available in public databases on the Internet.
Description
Citation
VALLA, M. Systém pro zpracovaní skóre z metod identifikace proteinů v tandemové hmotnostní spektrometrii [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2008.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínské a ekologické inženýrství
Comittee
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda)
prof. Ing. Jiří Jan, CSc. (místopředseda)
doc. RNDr. Ing. Jiří Šimurda, CSc. (člen)
doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (člen)
Ing. Josef Halámek, CSc. (člen)
doc. Ing. Jan Münz, CSc. (člen)
MUDr. Zuzana Nováková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2008-06-10
Defence
1. Student prezentoval výsledky své diplomové práce na téma systém pro zarovnání skóre z metod identifikace proteinů v tandemové hmotnostní spektrometrii.
2. Čtení posudků vedoucího diplomové práce a oponenta.
3. Student odpověděl na všechny dotazy oponenta s porozuměním.
4. prof. Provazník. Jakým parametrem je dána robustnost algoritmu? Student odpověděl s porozuměním.
5. prof. Provazník. Jaká je výpočetní náročnost daných algoritmů? Student odpověděl s porozuměním.
6. Ing. Halámek. Jaký datový soubor jste měl k dispozici a jakým zbůsobem jste v práci postupoval? Student odpověděl s porozuměním.
7. Ing. Halámek Srovnával jste svoje výsledky s výsledkem zlatého standardu? Student odpověděl s porozuměním.
8. doc. Šimurda. Do jaké míry je Vámi navržená metoda spolehlivá? Student odpověděl s porozuměním.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení