Shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primární struktury
Loading...
Date
Authors
Jurásek, Petr
ORCID
Advisor
Referee
Mark
E
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Diplomová práce je zaměřena na shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primárních struktur. Seznamuje s daty v podobě aminokyselin, které tvoří primární strukturu proteinů. Představuje základní algoritmy pro porovnávání podobnosti proteinových sekvencí. Popisuje shlukovou analýzu a metody shlukování. Praktickou část práce představuje návrh vzdálenostní funkce pro proteiny a implementace metod shlukování AGNES, k-means, k-medoids v jazyce Python.
This master's thesis consider clustering of protein sequences based on primary structure of proteins. Studies the protein sequences from they primary structure. Describes methods for similarities in the amino acid sequences of proteins, cluster analysis and clustering algorithms. This thesis presents concept of distance function based on similarity of protein sequences and implements clustering algorithms ANGES, k-means, k-medoids in Python programming language.
This master's thesis consider clustering of protein sequences based on primary structure of proteins. Studies the protein sequences from they primary structure. Describes methods for similarities in the amino acid sequences of proteins, cluster analysis and clustering algorithms. This thesis presents concept of distance function based on similarity of protein sequences and implements clustering algorithms ANGES, k-means, k-medoids in Python programming language.
Description
Keywords
Molekulární biologie, DNA, aminokyselina, protein, proteinové sekvence, dynamické programování, Needleman-Wunsch algoritmus, Smith-Waterman algoritmus, substituční matice, PAM, BLOSUM, shlukování, shluková analýza, AGNES, k-means, k-medoids, Molecular biology, DNA, amino acid, protein, primary structure of protein, dynamic programing, Needleman-Wunsh algorithm, Smith-Waterman algorithm, scoring matrix, PAM, BLOSUM, clustering, cluster analysis, AGNES, k-means, k-medoids
Citation
JURÁSEK, P. Shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primární struktury [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. .
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Inteligentní systémy
Comittee
Date of acceptance
Defence
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení