Identifikace a analýza potenciálně koregulovaných genů v Arabidopsis thaliana

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (předseda) Ing. Martin Mézl, Ph.D. (místopředseda) Ing. Jiří Sekora, MBA (člen) Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen) Ing. Andrea Němcová, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Kolářová položila doplňující otázku: Neodstraní normalizace informaci? Ing. Němcová položila doplňující otázku jaký je rozdíl mezi prezentovanými heatmapami? Jak rozhodnete, jesli geny si jsou nebo nejsou podobné? Ing. Mézl položil otázku: Jak jste nastavovali prah? Má nějaký výynam i záporná korelace? Ing. Sekora položil otázku: Co jsou koregulované geny a co jsou potenciálně koregulované geny? Ing. Jakubíček položil otázku: Co bylo vstupem do dendrogramu? Studentka obhájila bakalářskou práci s výhradami.cs
but.jazykslovenština (Slovak)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorSchwarzerová, Janask
dc.contributor.authorJanigová, Patríciask
dc.contributor.refereeBartoň, Vojtěchsk
dc.date.accessioned2024-10-14T09:06:35Z
dc.date.available2024-10-14T09:06:35Z
dc.date.created2024cs
dc.description.abstractTáto bakalárska práca sa zameriava na identifikáciu a analýzu potenciálne koregulovaných génov v modelovom organizme z rastlinnej ríše Arabidopsis thaliana. V prvej časti sa práca venuje regulácii génovej expresie u eukaryot, sekvenačným technikám, technikám odvodzovania transkripčných jednotiek a nástrojom pre analýzu týchto jednotiek. Následne sú popísané laboratórne dáta z Arabidopsis thaliany, vrátane ich prípravy a predspracovania RNA-Seq dát. Ďalšia časť popisuje proces identifikácie koordinovanej génovej expresie a jej regulácie na konkrétnych metódach, ako sú korelačný koeficient a vzájomná informácia. Nasleduje detailný popis vlastného nástroja na detekciu potenciálne koregulovaných génov v Arabidopsis thaliane, ktorý je implementovaný v jazyku Python. V závere bakalárskej práce sú vyhodnotené dosiahnuté výsledky, ktoré sú porovnané s dostupnou literatúrou, online databázami a analýzou peakov z ChIP-Seq dát. Taktiež je z výsledkov potenciálnej koregulácie diskutovaná identifikácia regulónov MBF1 a ABI3, čo naznačuje správnosť navrhnutého prístupu.sk
dc.description.abstractThis bachelor thesis deals with the identification and analysis of potentially coregulated genes in a model organism from the plant kingdom Arabidopsis thaliana. The first part of the thesis focuses on the regulation of gene expression in eukaryotes, sequencing techniques, techniques for inferring transcriptional units and tools for the analysis of these units. Subsequently, laboratory data from Arabidopsis thaliana are described, including their preparation and preprocessing of RNA-Seq data. The next section describes the process of identifying coordinated gene expression and its regulation by specific methods such as correlation coefficient and mutual information. This is followed by a detailed description of a custom tool for detecting potentially coregulated genes in Arabidopsis thaliana, which is implemented in Python. In the conclusion of the bachelor thesis, the obtained results are evaluated and compared with the available literature, online databases and peak analysis of ChIP-Seq data. Also, the identification of MBF1 and ABI3 regulons from the potential coregulation results is discussed, suggesting the validity of the proposed approach.en
dc.description.markCcs
dc.identifier.citationJANIGOVÁ, P. Identifikace a analýza potenciálně koregulovaných genů v Arabidopsis thaliana [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.cs
dc.identifier.other161972cs
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11012/249550
dc.language.isoskcs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectGénová expresiask
dc.subjectRegulónsk
dc.subjectKoregulácia génovej expresiesk
dc.subjectTranskripčná jednotkask
dc.subjectArabidopsis thalianask
dc.subjectGene expressionen
dc.subjectRegulonen
dc.subjectCoregulation of gene expressionen
dc.subjectTranscription uniten
dc.subjectArabidopsis thalianaen
dc.titleIdentifikace a analýza potenciálně koregulovaných genů v Arabidopsis thalianask
dc.title.alternativeIdentification and analysis of potentially co-regulated genes in Arabidopsis thalianaen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2024-08-29cs
dcterms.modified2024-08-29-14:40:58cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid161972en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2024.10.14 11:06:35en
sync.item.modts2024.08.30 05:31:44en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
3.2 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
file final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
1.08 MB
Format:
Unknown data format
Description:
file appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_161972.html
Size:
8.12 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_161972.html
Download
Collections
2024