Identifikace a analýza potenciálně koregulovaných genů v Arabidopsis thaliana
Loading...
Date
Authors
Janigová, Patrícia
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Táto bakalárska práca sa zameriava na identifikáciu a analýzu potenciálne koregulovaných génov v modelovom organizme z rastlinnej ríše Arabidopsis thaliana. V prvej časti sa práca venuje regulácii génovej expresie u eukaryot, sekvenačným technikám, technikám odvodzovania transkripčných jednotiek a nástrojom pre analýzu týchto jednotiek. Následne sú popísané laboratórne dáta z Arabidopsis thaliany, vrátane ich prípravy a predspracovania RNA-Seq dát. Ďalšia časť popisuje proces identifikácie koordinovanej génovej expresie a jej regulácie na konkrétnych metódach, ako sú korelačný koeficient a vzájomná informácia. Nasleduje detailný popis vlastného nástroja na detekciu potenciálne koregulovaných génov v Arabidopsis thaliane, ktorý je implementovaný v jazyku Python. V závere bakalárskej práce sú vyhodnotené dosiahnuté výsledky, ktoré sú porovnané s dostupnou literatúrou, online databázami a analýzou peakov z ChIP-Seq dát. Taktiež je z výsledkov potenciálnej koregulácie diskutovaná identifikácia regulónov MBF1 a ABI3, čo naznačuje správnosť navrhnutého prístupu.
This bachelor thesis deals with the identification and analysis of potentially coregulated genes in a model organism from the plant kingdom Arabidopsis thaliana. The first part of the thesis focuses on the regulation of gene expression in eukaryotes, sequencing techniques, techniques for inferring transcriptional units and tools for the analysis of these units. Subsequently, laboratory data from Arabidopsis thaliana are described, including their preparation and preprocessing of RNA-Seq data. The next section describes the process of identifying coordinated gene expression and its regulation by specific methods such as correlation coefficient and mutual information. This is followed by a detailed description of a custom tool for detecting potentially coregulated genes in Arabidopsis thaliana, which is implemented in Python. In the conclusion of the bachelor thesis, the obtained results are evaluated and compared with the available literature, online databases and peak analysis of ChIP-Seq data. Also, the identification of MBF1 and ABI3 regulons from the potential coregulation results is discussed, suggesting the validity of the proposed approach.
This bachelor thesis deals with the identification and analysis of potentially coregulated genes in a model organism from the plant kingdom Arabidopsis thaliana. The first part of the thesis focuses on the regulation of gene expression in eukaryotes, sequencing techniques, techniques for inferring transcriptional units and tools for the analysis of these units. Subsequently, laboratory data from Arabidopsis thaliana are described, including their preparation and preprocessing of RNA-Seq data. The next section describes the process of identifying coordinated gene expression and its regulation by specific methods such as correlation coefficient and mutual information. This is followed by a detailed description of a custom tool for detecting potentially coregulated genes in Arabidopsis thaliana, which is implemented in Python. In the conclusion of the bachelor thesis, the obtained results are evaluated and compared with the available literature, online databases and peak analysis of ChIP-Seq data. Also, the identification of MBF1 and ABI3 regulons from the potential coregulation results is discussed, suggesting the validity of the proposed approach.
Description
Citation
JANIGOVÁ, P. Identifikace a analýza potenciálně koregulovaných genů v Arabidopsis thaliana [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
sk
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (předseda)
Ing. Martin Mézl, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Jiří Sekora, MBA (člen)
Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen)
Ing. Andrea Němcová, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2024-08-29
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Kolářová položila doplňující otázku: Neodstraní normalizace informaci? Ing. Němcová položila doplňující otázku jaký je rozdíl mezi prezentovanými heatmapami? Jak rozhodnete, jesli geny si jsou nebo nejsou podobné? Ing. Mézl položil otázku: Jak jste nastavovali prah? Má nějaký výynam i záporná korelace? Ing. Sekora položil otázku: Co jsou koregulované geny a co jsou potenciálně koregulované geny? Ing. Jakubíček položil otázku: Co bylo vstupem do dendrogramu? Studentka obhájila bakalářskou práci s výhradami.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení