Komprese genomických signálů pro klasifikaci a identifikaci organismů

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Valentýna Provazník, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Jiří Rozman, CSc. (místopředseda) Ing. Martin Vítek, Ph.D. (člen) RNDr. Petr Fuchs, Ph.D. (člen) prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudent prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Student obhájil diplomovou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorVítková, Helenacs
dc.contributor.authorSedlář, Karelcs
dc.contributor.refereeVítek, Martincs
dc.date.created2013cs
dc.description.abstractModerní klasifikace organismů je založena na molekulárních datech. Přitom tyto metody spoléhají na vícenásobné zarovnání znakových sekvencí, což je činí výpočetně velmi náročnými. Proto je také možné zpracovávat pouze krátké úseky genomu. Tato práce ukazuje zcela nový algoritmus postavený na konverzi celogenomových sekvencí do signálů kumulované fáze. Ty jsou podrobeny ztrátové kompresi spočívající v odstranění nadbytečných frekvenčních pásem pomocí vlnkové transformace. Klasifikace organismů je následně provedena jako shluková analýza s využitím euklidovské vzdálenosti dvojic komprimovaných signálů, kde je zarovnání provedeno algoritmem pro dynamické borcení časové osy.cs
dc.description.abstractModern classification of organisms is performed on molecular data. These methods rely on multiple alignment of sequences of characters which make them computationally demanding. Only small parts of genomes can be compared in reasonable time. In this paper, the novel algorithm based on conversion of the whole genome sequences to cumulative phase signals is presented. Dyadic wavelet transform is used for lossy compression of signals by redundant frequency bands elimination. Signal classification is then performed as a cluster analysis using Euclidian metrics where multiple alignment is replaced by dynamic time warping.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationSEDLÁŘ, K. Komprese genomických signálů pro klasifikaci a identifikaci organismů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2013.cs
dc.identifier.other65505cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/25942
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectgenomický signálcs
dc.subjectkumulovaná fázecs
dc.subjectkompresecs
dc.subjectklasifikacecs
dc.subjectDWTcs
dc.subjectDTWcs
dc.subjectgenomic signalen
dc.subjectcumulated phaseen
dc.subjectcompressionen
dc.subjectclassificationen
dc.subjectDWTen
dc.subjectDTWen
dc.titleKomprese genomických signálů pro klasifikaci a identifikaci organismůcs
dc.title.alternativeThe use of genomic signal compression for classification and identification of organismsen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2013-06-11cs
dcterms.modified2013-06-14-10:16:38cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid65505en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 13:07:51en
sync.item.modts2025.01.15 17:06:39en
thesis.disciplineBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
3.6 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
4.46 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_65505.html
Size:
4.16 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_65505.html
Download
Collections
2013