but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Zdeněk Vašíček, Ph.D. (místopředseda) doc. Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) Ing. Ondřej Lengál, Ph.D. (člen) prof. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: Co přesně znamená, že práce prozatím není připravena pro produkční nasazení? Výběr tunelů z MD dat aktuálně probíhá uživatelem ručně. Uvažujete o nějaké formě automatizaci tohoto výběru? Jak by se případně implementovala? Vizualizace MD dat je aktuálně dostupná v podobě poměrně jednoduchých diagramů (obrázek 6.9 a 6.10). Uvažujete o nějaké vhodnější formě?	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie a umělá inteligence	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Musil, Miloš	cs
dc.contributor.author	Kohout, Petr	cs
dc.contributor.referee	Martínek, Tomáš	cs
dc.date.created	2022	cs
dc.description.abstract	Tato diplomová práce se zabývá analýzou proteinových struktur. Cílem je navrhnout Caver Web 2.0 -- novou verzi webové aplikace, která začlení další vědecké nástroje a uživatelům umožní projít komplikovaný pracovní protokol za poskytnutí relevantních výsledků bez nutnosti hlubší znalosti integrovaných nástrojů. Vše bude zprostředkováno prostřednictvím jednoduchého a interaktivního uživatelského rozhraní. Aplikace rozšiřuje původní aplikaci Caver Web 1.0 o nové vlastnosti. Caver Web 1.0 je webový server vhodný pro identifikaci proteinových tunelů a kanálů, pro které umožňuje spustit analýzy transportu ligandů. Program se vyznačuje intuitivním a uživatelsky přívětivým rozhraním s minimem požadovaných vstupů od uživatele. Server je vhodný i pro výzkumníky bez pokročilých bioinformatických nebo technických znalostí. Jeho současná verze je ve vědecké komunitě dobře zavedená a velmi využívaná (35 000 dokončených výpočtů během dvou let provozu). Nejvýznamnějším omezením současné verze je možnost analyzovat pouze statickou strukturu, což často poskytuje neúplný biologický obraz. Proto bylo rozhodnuto o rozšíření nástroje o výpočet molekulárních dynamik, které poskytnou ucelený obraz na proměny proteinových struktur.	cs
dc.description.abstract	This thesis focuses on the analysis of protein structures. The aim is to design Caver Web 2.0 -- a new version of the web application that integrates additional scientific tools and allows users to go through a complicated workflow to provide relevant results without the need for a deeper knowledge of the integrated tools. Everything will be delivered through a simple and interactive user interface. The application extends the original Caver Web 1.0 application with new features. Caver Web 1.0 is a web server suitable for identifying protein tunnels and channels for which it allows to run ligand transport analyses. The program is characterized by an intuitive and user-friendly interface with minimum required input from the user. The server is suitable for researchers without advanced bioinformatics or technical knowledge. Its current version is well established and highly used in the scientific community (35,000 completed calculations in two years of operation). The most significant limitation of the current version is the ability to analyze only static structure, which often provides an incomplete biological picture. Therefore, it was decided to extend the tool to calculate molecular dynamics to provide a comprehensive picture of protein structure changes.	en
dc.description.mark	A	cs
dc.identifier.citation	KOHOUT, P. Identifikace proteinových tunelů s využitím molekulárních dynamik [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2022.	cs
dc.identifier.other	145441	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/207840
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	bioinformatika	cs
dc.subject	webová aplikace	cs
dc.subject	proteinové inženýrství	cs
dc.subject	molekulární dynamiky	cs
dc.subject	proteinové tunely	cs
dc.subject	dokování ligandu	cs
dc.subject	bioinformatics	en
dc.subject	web application	en
dc.subject	protein engineering	en
dc.subject	molecular dynamics	en
dc.subject	protein tunnels	en
dc.subject	ligand docking	en
dc.title	Identifikace proteinových tunelů s využitím molekulárních dynamik	cs
dc.title.alternative	Identification of the Protein Tunnels Using Molecular Dynamics	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2022-06-21	cs
dcterms.modified	2022-06-23-09:13:52	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	145441	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.26 15:35:26	en
sync.item.modts	2025.01.17 12:48:00	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Identifikace proteinových tunelů s využitím molekulárních dynamik

Files

Original bundle

Collections