Identifikace proteinových tunelů s využitím molekulárních dynamik
Loading...
Date
Authors
Kohout, Petr
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tato diplomová práce se zabývá analýzou proteinových struktur. Cílem je navrhnout Caver Web 2.0 -- novou verzi webové aplikace, která začlení další vědecké nástroje a uživatelům umožní projít komplikovaný pracovní protokol za poskytnutí relevantních výsledků bez nutnosti hlubší znalosti integrovaných nástrojů. Vše bude zprostředkováno prostřednictvím jednoduchého a interaktivního uživatelského rozhraní. Aplikace rozšiřuje původní aplikaci Caver Web 1.0 o nové vlastnosti. Caver Web 1.0 je webový server vhodný pro identifikaci proteinových tunelů a kanálů, pro které umožňuje spustit analýzy transportu ligandů. Program se vyznačuje intuitivním a uživatelsky přívětivým rozhraním s minimem požadovaných vstupů od uživatele. Server je vhodný i pro výzkumníky bez pokročilých bioinformatických nebo technických znalostí. Jeho současná verze je ve vědecké komunitě dobře zavedená a velmi využívaná (35 000 dokončených výpočtů během dvou let provozu). Nejvýznamnějším omezením současné verze je možnost analyzovat pouze statickou strukturu, což často poskytuje neúplný biologický obraz. Proto bylo rozhodnuto o rozšíření nástroje o výpočet molekulárních dynamik, které poskytnou ucelený obraz na proměny proteinových struktur.
This thesis focuses on the analysis of protein structures. The aim is to design Caver Web 2.0 -- a new version of the web application that integrates additional scientific tools and allows users to go through a complicated workflow to provide relevant results without the need for a deeper knowledge of the integrated tools. Everything will be delivered through a simple and interactive user interface. The application extends the original Caver Web 1.0 application with new features. Caver Web 1.0 is a web server suitable for identifying protein tunnels and channels for which it allows to run ligand transport analyses. The program is characterized by an intuitive and user-friendly interface with minimum required input from the user. The server is suitable for researchers without advanced bioinformatics or technical knowledge. Its current version is well established and highly used in the scientific community (35,000 completed calculations in two years of operation). The most significant limitation of the current version is the ability to analyze only static structure, which often provides an incomplete biological picture. Therefore, it was decided to extend the tool to calculate molecular dynamics to provide a comprehensive picture of protein structure changes.
This thesis focuses on the analysis of protein structures. The aim is to design Caver Web 2.0 -- a new version of the web application that integrates additional scientific tools and allows users to go through a complicated workflow to provide relevant results without the need for a deeper knowledge of the integrated tools. Everything will be delivered through a simple and interactive user interface. The application extends the original Caver Web 1.0 application with new features. Caver Web 1.0 is a web server suitable for identifying protein tunnels and channels for which it allows to run ligand transport analyses. The program is characterized by an intuitive and user-friendly interface with minimum required input from the user. The server is suitable for researchers without advanced bioinformatics or technical knowledge. Its current version is well established and highly used in the scientific community (35,000 completed calculations in two years of operation). The most significant limitation of the current version is the ability to analyze only static structure, which often provides an incomplete biological picture. Therefore, it was decided to extend the tool to calculate molecular dynamics to provide a comprehensive picture of protein structure changes.
Description
Citation
KOHOUT, P. Identifikace proteinových tunelů s využitím molekulárních dynamik [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2022.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Zdeněk Vašíček, Ph.D. (místopředseda)
doc. Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen)
Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen)
Ing. Ondřej Lengál, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2022-06-21
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: Co přesně znamená, že práce prozatím není připravena pro produkční nasazení? Výběr tunelů z MD dat aktuálně probíhá uživatelem ručně. Uvažujete o nějaké formě automatizaci tohoto výběru? Jak by se případně implementovala? Vizualizace MD dat je aktuálně dostupná v podobě poměrně jednoduchých diagramů (obrázek 6.9 a 6.10). Uvažujete o nějaké vhodnější formě?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení