Rekonstrukce transposonů
Loading...
Date
Authors
Šurina, Oliver
Advisor
Referee
Mark
E
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
ORCID
Abstract
Táto práca sa zaoberá rekonštrukciou transpozónov na základe výstupu programu RepeatExplorer. V prvej časti práca predstavuje základy molekulárnej biológie so zameraním na transpozóny a ich štruktúru. Ďalej popisuje návrh a implementáciu aplikácie, ktorá rekonštruuje transpozóny na základe výstupov RepeatExploreru. K prezentácii dosiahnutých výsledkov bolo vytvorené interaktívne grafické uživateľské rozhranie. Aplikácia bola ná- sledne testovaná v realnom prostredí. Práca tiež prináša prehľad o existujúcich nástrojoch pre identifikáciu transpozónov.
This thesis deals with the reconstruction of transposable elements based on an output of RepeaterExplorer. In the first section, this thesis introduces basics of molecular biology with focus on transposons and their structure. Then it describes design and implementation of application which reconstructs transposons based on an output of RepeatExplorer. Achieved results are presented by created interactive user interface. The application was then tesed in real enviroment. This thesis also delivers overview of existing tools for transposons identification.
This thesis deals with the reconstruction of transposable elements based on an output of RepeaterExplorer. In the first section, this thesis introduces basics of molecular biology with focus on transposons and their structure. Then it describes design and implementation of application which reconstructs transposons based on an output of RepeatExplorer. Achieved results are presented by created interactive user interface. The application was then tesed in real enviroment. This thesis also delivers overview of existing tools for transposons identification.
Description
Keywords
DNA , transpozóny , LTR , RepeatExplorer , rekonstrukce transpozónov , GUI , DNA , transposons , LTR , RepeatExplorer , transposons reconstruction , GUI
Citation
ŠURINA, O. Rekonstrukce transposonů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2016.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. RNDr. Alexandr Meduna, CSc. (předseda)
doc. Ing. Lukáš Burget, Ph.D. (místopředseda)
doc. Mgr. Lukáš Holík, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (člen)
Ing. Zbyněk Křivka, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2016-06-15
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázku oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm E. Otázky u obhajoby: Ve své práci ověřujete primárně dva modely LTR transpozonů (Copia, Gypsy). Lze do vašeho nástroje zakomponovat i další modely? Pokud ano, co všechno je potřeba nastavit/změnit?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena