Detailní analýza genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
E
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato práce se zabývá detailní analýzou genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií. Antimikrobiální rezistence (AMR) u bakterií je celosvětově rostoucí hrozbou pro veřejné zdraví. U těchto bakterií jsou geny AMR často spojeny s mobilními genetickými elementy (MGE), které pod- porují jejich mobilitu a umožňují jim rychlé šíření mezi různými bakteriemi. V práci je popsán horizontální přenos genetické informace, problematika antimikrobiální rezistence a databáze pro detekci genů AMR a MGE. Poté byla provedena detekce a analýza genů AMR a MGE u zástupců anaerobních bakterií. Téměr polovina z nich obsahovala alespoň 1 gen AMR, celkem 112 různých genů. Poté bylo detekováno 66 různých MGE, 4 z nich přenášely 6 různých detekovaných genů AMR.
This thesis deals with a detail analysis on antibiotic and heavy-metal resistance genes and horizontal gene transfer traits in anaerobic bacteria. Antimicrobial resistance (AMR) in bacteria is a growing threat to public health globally. In these bacteria, AMR genes are often associated with mobile genetic elements (MGEs), which promote their mobility, enabling them to rapidly spread throughout a bacterial community. The work describes the horizontal gene transfer, the issue of antimicrobial resistance and the database for the detection of AMR genes and MGEs. After that, the detection and analysis of AMR genes and MGEs in anaerobic bacteria was done. Almost half of them contained at least 1 gene coding for antibiotic or heavy-metal resistance, 112 different genes overall. Then, 66 different MGEs were detected, 4 of which carried 6 different AMR detected genes.
This thesis deals with a detail analysis on antibiotic and heavy-metal resistance genes and horizontal gene transfer traits in anaerobic bacteria. Antimicrobial resistance (AMR) in bacteria is a growing threat to public health globally. In these bacteria, AMR genes are often associated with mobile genetic elements (MGEs), which promote their mobility, enabling them to rapidly spread throughout a bacterial community. The work describes the horizontal gene transfer, the issue of antimicrobial resistance and the database for the detection of AMR genes and MGEs. After that, the detection and analysis of AMR genes and MGEs in anaerobic bacteria was done. Almost half of them contained at least 1 gene coding for antibiotic or heavy-metal resistance, 112 different genes overall. Then, 66 different MGEs were detected, 4 of which carried 6 different AMR detected genes.
Description
Keywords
Horizontální přenos genů, mobilní genetické elementy, bakterie, antimikrobiální re- zistence, geny rezistence, databáze pro detekci genů rezistence, antibiotika, těžké kovy, Horizontal gene transfer, mobile genetic elements, bacteria, antimicrobial resistance, resistance genes, database for resistance gene detection, antibiotics, heavy-metals
Citation
VANCOVÁ, K. Detailní analýza genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
prof. Ing. Marek Penhaker, Ph.D. (předseda)
Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. (místopředseda)
Doc. MUDr. Jaromír Gumulec, Ph.D. (člen)
Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen)
Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)
Ing. Tomáš Vičar, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2023-06-14
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Doc. Gumulec se doptal, jak vypadají dostupná data. Jaká byla selekční kritéria pro výběr datasetů? Ing. Sedlář se doptal na kvalitu dat. Byly sekvence sekvenovány pomocí Ilumina? O jaké bakterie se jedná? Doc. Gumulec se zeptal jak funguje horizontální přenost pro Vaše data? Co jste dělala s daty, jak jste je zpracovala? Jak jste dospěla k popsaným informacím? Ing. Sedlář se zeptal, pracovala jste s nukleotidy nebo s predikovanými proteiny? Jak jste filtrovala coverage? Zvažovala jste coverage? Prof. Penhaker se doptal, co jste navrhla a implementovala v programovacím jazyce? Ing. Čmiel se doptal, jak byla vedoucí spokojena s výběrem databází?
Studentka neobhájila bakalářskou práci. Komise shledala soulad posudku vedoucí a oponentky s neúplným vypracováním práce s ohledem na zadání.
Result of defence
práce nebyla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení