Vizualizace horizontálního a vertikálního genového přenosu

Abstract

Horizontální a vertikální genový přenos představují dva základní mechanismy šíření genetické informace, které zásadně ovlivňují vývoj a variabilitu mikroorganismů. Tato bakalářská práce se zaměřuje na návrh a testování vlastní vizualizační techniky, která umožňuje přehledné zobrazení výskytu obou typů genového přenosu na základě genomických dat. V práci jsou analyzovány sekvenační datasety PRJNA377666 a PRJNA658263, u nichž se předpokládá výskyt horizontálního i vertikálního přenosu. Součástí řešení je návrh vlastní techniky vizualizace ve formě dotmapy s interaktivním výběrem genů a její integrace do semi-automatické pipeline. Navržený přístup využívá běžně dostupné bioinformatické nástroje a je prakticky využitelný pro zpřehlednění rozsáhlých genomických dat v oblasti mikrobiální genetiky.

Horizontal and vertical gene transfer are two fundamental mechanisms through which genetic information spreads, significantly influencing microbial evolution and variability. This bachelor's thesis focuses on the design and testing of a custom visualization technique that enables a clear representation of both types of gene transfer based on genomic data. Sequencing datasets PRJNA377666 and PRJNA658263, where horizontal and vertical gene transfer is expected, were analyzed. The proposed solution includes a custom visualization technique based on an interactive dotmap and its integration into a semi-automated analysis pipeline. The approach uses standard bioinformatics tools and is practically applicable for clarifying large-scale genomic data in the field of microbial genetics.