HERZANOVÁ, V. Vizualizace horizontálního a vertikálního genového přenosu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2025.
Studentka Vendula Herznarová se ve své bakalářské práci zabývala aktuální tematikou genového přenosu – konkrétně principy horizontálního a vertikálního genového přenosu a možnostmi jejich vizualizace v biologických datech. Zadání práce bylo poměrně komplexní: od teoretického přehledu přes studium sekvenačních technik až po návrh a implementaci vlastní vizualizační techniky na základě reálných dat z veřejných databází (projekty PRJNA377666 a PRJNA658263). Literární rešerše pokrývá základní principy obou typů genového přenosu a orientuje se i v metodách sekvenace dat. V praktické části studentka připravila data, testovala dvě existující vizualizační techniky a navrhla vlastní přístup, který implementovala v prostředí Python v3.11.4. Tato část práce svědčí o schopnosti zvládnout základní nástroje datového zpracování a projevila se i určitou mírou technické samostatnosti. Práce však vykazuje několik formálních i obsahových nedostatků. Tabulka 3.1 obsahuje nejednotně uvedené reference, které se neshodují s citačním stylem zbytku textu. Obrázky 4.1 a 4.2 jsou obtížně čitelné a chybí v nich vyznačení oblasti biologického zájmu, což snižuje jejich interpretovatelnost; spíše by bylo vhodné je přesunout do příloh. V celém textu se navíc nesystematicky střídá styl zavádění zkratek (např. „dsDNA“ vs. „ASIC“), což narušuje formální jednotnost. Nejzásadnější výtku je však třeba směřovat k závěru práce – ten postrádá shrnutí dosažených výsledků, místo toho nabízí obecné informace bez jasné vazby na vlastní přínos studentky, čímž výrazně klesá informační hodnota výstupu. Práce formálně splňuje zadané body, avšak s omezeným přínosem pro další využití navržené metody. Uživatel by například očekával přehledný návod k použití v přiloženém GitHub repozitáři, avšak místo něj je dostupný pouze soubor example_data.zip bez doprovodné dokumentace, což výrazně snižuje replikovatelnost řešení. Co se týče přístupu studentky – v počátečních fázích práce často konzultovala a ochotně diskutovala nad postupem. Díky jejímu intelektuálnímu přínosu bude moci svou práci dále rozšířit v rámci připravované publikace, kde figuruje jako spoluautorka příspěvku na mezinárodní konferenci BIBM 2025. V pozdější fázi se však více osamostatnila, což sice svědčí o její schopnosti pracovat samostatně, ale vedlo to i k nedostatečnému využití konzultací při interpretaci výsledků a tvorbě kapitol 4, 5 i závěru. Tento posun se negativně projevil na celkové ucelenosti a kvalitě výstupu. I přes výše uvedené výtky studentka splnila všechny body zadání. Práci doporučuji k obhajobě a hodnotím známkou D (60 bodů).
Předložená bakalářská práce pojednává o vizualizaci horizontálního a vertikálního genového přenosu. Literární rešerše popisuje mechanismy přenosu genetické informace a sekvenační technologie, které se v této oblasti využívají. Práce cituje celkem 127 literárních zdrojů, což je na bakalářskou úroveň velmi vysoký počet. Nicméně ne všechny odkazy odpovídají citační normě a práce s literaturou patří k největším nedostatkům této práce. U 14 zdrojů (reference č. 7, 8, 17, 22, 23, 24, 27, 28, 30, 31, 37, 65, 95, 117) nesouhlasí kombinace autorů, názvu článku a dalších identifikátorů. V některých případech se dokonce jedná o smyšlená jména autorů či neexistující názvy článků. Například u reference č. 17, která je zmíněna v kapitole 1.2, je uvedeno jméno neexistujícího prvního autora přímo v textu popisujícím horizontální genový přenos, přestože podle seznamu literatury se má článek týkat mikrobiální terapeutiky. Dalším problémem je zařazení referencí, které s obsahem textu souvisí jen okrajově, nebo vůbec. Výběr odborných článků je často zastaralý – například kapitola o sekvenování je postavena převážně na publikacích z let 2009–2016, a tudíž uvedené výhody a nevýhody technologií již nejsou akuální. V práci se také objevuje výrazný nepoměr v množství referencí napříč jednotlivými částmi textu. V úvodní kapitole je téměř každá věta opatřena citací, včetně popisů obrázků (např. Obr. 1.5, 1.7), zatímco v kapitole 4 se často vyskytují pouze dvě citace na celý odstavec, z nichž navíc některé s textem nesouvisí a v případě tabulky 3.1. citace úplně chybí. Na konci teoretické části jsou popsány možnosti vizualizace genového přenosu. Tato část však již obsahuje i výsledky praktické části, které by měly být prezentovány odděleně. Studentka zde prezentuje možnosti vizualizace horizontálního a vertikálního přenosu, přičemž vybírá pět genů pro každý typ přenosu. Správnost výběru je odůvodněna pomocí bodové matice, avšak vertikální přenos z ní není dobře patrný kvůli překrývajícím se bodům různých barev. Hypotéza navíc není dále ověřena na testovacím datasetu. Samotná navržená vizualizační technika je poměrně jednoduchá a využívá opět bodovou matici, která se omezuje na možnost vykreslení (ne)přítomnosti deseti vybraných genů společně s fylogenetickým rozřazením jednotlivých genomů. Hlavním omezení této metody je překrývání bodů při vykreslení většího počtu genů. Tento problém sice řeší možnost náhledu na konkrétní bod, ale z hlediska přehledné vizualizace dat se nejeví tato tato metoda jako vhodná. Dále bych u nástroje čekala větší uživatelskou přívětivost např. mi chybí soubor requirents.txt pro usnadnění instalace a spuštění aplikace, nebo by bylo vhodné od GUI doplnit možnost zadání dalších genů (momentálně je nutný zásah do kódu) anebo implementovat filtraci vykreslovaných genomů. Vzhledem k uvedeným nedostatkům a zejména kvůli práci s literaturou hodím jako dostatečnou (E, 55 bodů).
eVSKP id 167513