Zarovnávání částí DNA

Simple item page
but.committeedoc. Dr. Ing. Jan Černocký (předseda) prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (místopředseda) doc. Ing. Radek Burget, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Adam Rogalewicz, Ph.D. (člen) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudent nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázku oponenta a na další otázku přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Proč je Smith-Watermanův algoritmus vhodnější, pokud hledáme lokální zarovnání? V čem spočívá vylepšení, které ušetří čas procesoru?cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programInformační technologiecs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorRozman, Jaroslavcs
dc.contributor.authorPejř, Václavcs
dc.contributor.refereeBurgetová, Ivanacs
dc.date.accessioned2018-10-21T17:30:21Z
dc.date.available2018-10-21T17:30:21Z
dc.date.created2010cs
dc.description.abstractTato práce si klade za cíl zjistit, jaké jsou možnosti v oblasti zarovnávání DNA sekvencí. Na základě těchto zjištění nalézt nejlepší řešení s ohledem na rychlost výpočtu a kvalitu zarovnání. Následně toto řešení implementovat a vytvořit tak fungující program, který bude zarovnání provádět. Práce se nejprve zaměřuje na uvedení do problematiky týkající se biologie, DNA a genetiky. Po uvedení následuje přehled algoritmů, které se pro zarovnávání používají, jejich zhodnocení a výběr nejvhodnějšího algoritmu pro implementaci. Dále se také práce zaměřuje na oblast využití paralelního programování pomocí knihoven OpenCL. Zarovnání se provádí nad mnoha sekvencemi současně, zkoumají se tedy metody jak toto zarovnání provádět a jak dosáhnout nejlepších výsledků.cs
dc.description.abstractThis thesis deals with finding the possibilities within the sphere of alignment of DNA sequences. Based on these findings, the best solution should be found with regard to the quickness of computation and quality of alignment. Following this I intend to implement and thus create a functioning program that will do the alignment. The thesis starts with introducing issues dealing with biology, DNA and genetics. The introduction is followed by a survey of algorithms that are used for alignment, their evaluation and selection of the most appropriate algorithm for the implementation. The thesis also focuses on the usage of parallel programming by means of OpenCL libraries. The alignment is being done above many sequences at the same time, so that the methods how this process can be done and how to reach the best results are being examined.en
dc.description.markCcs
dc.identifier.citationPEJŘ, V. Zarovnávání částí DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2010.cs
dc.identifier.other34988cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/52990
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectDNAcs
dc.subjectbázecs
dc.subjectadenosincs
dc.subjectcytosincs
dc.subjectguanincs
dc.subjectthymincs
dc.subjectsekvencecs
dc.subjectbiologiecs
dc.subjectgenetikacs
dc.subjectSmith-Watermanncs
dc.subjectNeedleman-Wunschcs
dc.subjectblastcs
dc.subjectclustalcs
dc.subjectCUDAcs
dc.subjectOpenCLcs
dc.subjectkernelcs
dc.subjectparalelismuscs
dc.subjectzarovnání.cs
dc.subjectDNAen
dc.subjectbasisen
dc.subjectadenosinen
dc.subjectcytosinen
dc.subjectguaninen
dc.subjectthyminen
dc.subjectsemenceen
dc.subjectbiologyen
dc.subjectgeneticsen
dc.subjectSmith-Watermannen
dc.subjectNeedleman-Wunschen
dc.subjectblasten
dc.subjectclustalen
dc.subjectCUDAen
dc.subjectOpenCLen
dc.subjectkernelen
dc.subjectparalelismen
dc.subjectalignment.en
dc.titleZarovnávání částí DNAcs
dc.title.alternativeAlignment of DNA Partsen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2010-06-16cs
dcterms.modified2020-05-09-23:42:17cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta informačních technologiícs
sync.item.dbid34988en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 15:02:53en
sync.item.modts2021.11.12 13:53:43en
thesis.disciplineInformační technologiecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav inteligentních systémůcs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 2 of 2
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
928.15 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
review_34988.html
Size:
1.42 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_34988.html
Download
Collections
2010