Zarovnávání částí DNA
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tato práce si klade za cíl zjistit, jaké jsou možnosti v oblasti zarovnávání DNA sekvencí. Na základě těchto zjištění nalézt nejlepší řešení s ohledem na rychlost výpočtu a kvalitu zarovnání. Následně toto řešení implementovat a vytvořit tak fungující program, který bude zarovnání provádět. Práce se nejprve zaměřuje na uvedení do problematiky týkající se biologie, DNA a genetiky. Po uvedení následuje přehled algoritmů, které se pro zarovnávání používají, jejich zhodnocení a výběr nejvhodnějšího algoritmu pro implementaci. Dále se také práce zaměřuje na oblast využití paralelního programování pomocí knihoven OpenCL. Zarovnání se provádí nad mnoha sekvencemi současně, zkoumají se tedy metody jak toto zarovnání provádět a jak dosáhnout nejlepších výsledků.
This thesis deals with finding the possibilities within the sphere of alignment of DNA sequences. Based on these findings, the best solution should be found with regard to the quickness of computation and quality of alignment. Following this I intend to implement and thus create a functioning program that will do the alignment. The thesis starts with introducing issues dealing with biology, DNA and genetics. The introduction is followed by a survey of algorithms that are used for alignment, their evaluation and selection of the most appropriate algorithm for the implementation. The thesis also focuses on the usage of parallel programming by means of OpenCL libraries. The alignment is being done above many sequences at the same time, so that the methods how this process can be done and how to reach the best results are being examined.
This thesis deals with finding the possibilities within the sphere of alignment of DNA sequences. Based on these findings, the best solution should be found with regard to the quickness of computation and quality of alignment. Following this I intend to implement and thus create a functioning program that will do the alignment. The thesis starts with introducing issues dealing with biology, DNA and genetics. The introduction is followed by a survey of algorithms that are used for alignment, their evaluation and selection of the most appropriate algorithm for the implementation. The thesis also focuses on the usage of parallel programming by means of OpenCL libraries. The alignment is being done above many sequences at the same time, so that the methods how this process can be done and how to reach the best results are being examined.
Description
Keywords
DNA, báze, adenosin, cytosin, guanin, thymin, sekvence, biologie, genetika, Smith-Watermann, Needleman-Wunsch, blast, clustal, CUDA, OpenCL, kernel, paralelismus, zarovnání., DNA, basis, adenosin, cytosin, guanin, thymin, semence, biology, genetics, Smith-Watermann, Needleman-Wunsch, blast, clustal, CUDA, OpenCL, kernel, paralelism, alignment.
Citation
PEJŘ, V. Zarovnávání částí DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2010.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
doc. Dr. Ing. Jan Černocký (předseda)
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (místopředseda)
doc. Ing. Radek Burget, Ph.D. (člen)
doc. Mgr. Adam Rogalewicz, Ph.D. (člen)
doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2010-06-16
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázku oponenta a na další otázku přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Proč je Smith-Watermanův algoritmus vhodnější, pokud hledáme lokální zarovnání? V čem spočívá vylepšení, které ušetří čas procesoru?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení