Techniky pro zarovnávání skupin biologických sekvencí
Loading...
Date
Authors
Hrazdil, Jiří
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Práce shrnuje způsoby reprezentace a formáty pro ukládání biologických sekvencí a popisuje databáze, ze kterých lze sekvence získat. V další části pojednává o metodách používaných pro zarovnání dvojice sekvencí. Následuje rozšíření použitých technik na problematiku zarovnání skupiny sekvencí a představení suboptimálních metod realizovatelných v rozumném čase. V praktické části práce je implementována aplikace pro zarovnání skupin sekvencí pomocí popsaných metod v jazyce Java.
This thesis summarizes ways of representation of biological sequences and file formats used for sequence exchange and storage. Next part deals with techniques used for sequence pairwise alignment, followed by extension of these techniques to the problem of multiple sequence alignment. Additional methods are introduced, that are suboptimal, but on the other hand are able to compute results in reasonable time. Practical part of this thesis consists of implementing multiple sequence alignment application in Java programming language.
This thesis summarizes ways of representation of biological sequences and file formats used for sequence exchange and storage. Next part deals with techniques used for sequence pairwise alignment, followed by extension of these techniques to the problem of multiple sequence alignment. Additional methods are introduced, that are suboptimal, but on the other hand are able to compute results in reasonable time. Practical part of this thesis consists of implementing multiple sequence alignment application in Java programming language.
Description
Citation
HRAZDIL, J. Techniky pro zarovnávání skupin biologických sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. .
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační systémy
Comittee
Date of acceptance
Defence
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení