Vývoj metod pro genetickou analýzu potravin rostlinného původu
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
P
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract
Multiplex real-time PCR-HRM is an approach which has gained some attention in recent years. It has already found applications in clinical diagnostics and food authenticity and safety control. Compared to its corresponding singleplex PCR assays, an optimized multiplex PCR assay provides the same information in a fraction of time. First part of this work dealt with isolation of DNA from both fresh fruits and processed commercial products. Six different DNA isolation protocols were tested with fresh fruits – three silica column-based kits, two magnetic carrier-based kits and one conventional protocol. One method was chosen as the most suitable and was applied to DNA isolation from commercial products. These experiments also involved optimisation of the chosen method. The second part of this work was focused on the development of a triplex real-time PCR assay for simultaneous detection of blueberry, strawberry and raspberry, and its application on DNA isolated from commercial products. During DNA isolation, calcium chloride was shown to be a promising agent for removal of pectin from samples. In several samples, presence of raspberry DNA was confirmed by singleplex PCR. We found out that for accurate results of food analysis by this assay, further optimization of its parameters would be needed.
Multiplex real-time PCR-HRM je analytická metoda, která v posledních letech získává pozornost. Našla si využití např. v diagnostických aplikacích, při kontrole bezpečnosti potravin, i při ověřování jejich autenticity. Optimalizovaná multiplex PCR reakce dokáže poskytnout stejné informace jako odpovídající singleplex PCR reakce za výrazně kratší dobu. První část této práce byla zaměřena na izolaci DNA jak z čerstvého ovoce, tak i z vybraných průmyslově zpracovaných potravin. Na čerstvém ovoci bylo testováno šest různých metod pro izolaci DNA – tři kolonkové kity, dva kity s magnetickými nosiči a jedna konvenční metoda. Z těchto metod byla vybrána jedna, která byla využita pro izolace DNA z různých typů potravin rostlinného původu. Posledně zmíněné experimenty zahrnovaly i optimalizaci zvolené metody. Druhá část této práce byla zaměřena na vývoj triplex PCR metody pro simultánní detekci borůvek, malin a jahod ve vybraných potravinách. Během izolace DNA se chlorid vápenatý ukázal jako vhodný prostředek k odstranění pektinu ze vzorků, a v několika komerčních výrobcích byla prokázána přítomnost malin pomocí sigleplex PCR, ale z naměřených dat byl vyvozen závěr, že pro získání spolehlivějších výsledků jsou potřebné další optimalizace vyvinuté triplex PCR metody.
Multiplex real-time PCR-HRM je analytická metoda, která v posledních letech získává pozornost. Našla si využití např. v diagnostických aplikacích, při kontrole bezpečnosti potravin, i při ověřování jejich autenticity. Optimalizovaná multiplex PCR reakce dokáže poskytnout stejné informace jako odpovídající singleplex PCR reakce za výrazně kratší dobu. První část této práce byla zaměřena na izolaci DNA jak z čerstvého ovoce, tak i z vybraných průmyslově zpracovaných potravin. Na čerstvém ovoci bylo testováno šest různých metod pro izolaci DNA – tři kolonkové kity, dva kity s magnetickými nosiči a jedna konvenční metoda. Z těchto metod byla vybrána jedna, která byla využita pro izolace DNA z různých typů potravin rostlinného původu. Posledně zmíněné experimenty zahrnovaly i optimalizaci zvolené metody. Druhá část této práce byla zaměřena na vývoj triplex PCR metody pro simultánní detekci borůvek, malin a jahod ve vybraných potravinách. Během izolace DNA se chlorid vápenatý ukázal jako vhodný prostředek k odstranění pektinu ze vzorků, a v několika komerčních výrobcích byla prokázána přítomnost malin pomocí sigleplex PCR, ale z naměřených dat byl vyvozen závěr, že pro získání spolehlivějších výsledků jsou potřebné další optimalizace vyvinuté triplex PCR metody.
Description
Citation
FIALOVÁ, L. Vývoj metod pro genetickou analýzu potravin rostlinného původu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2022.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
Potravinářská chemie
Comittee
prof. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (místopředseda)
doc. Ing. Adriána Kovalčík, Ph.D. (člen)
prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Stanislav Kráčmar, DrSc. (člen)
doc. Ing. Eva Vítová, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Miloslav Pekař, CSc. (člen)
prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc. (člen)
Date of acceptance
2022-12-02
Defence
Předseda komise představil doktorandku. Ing. Lenka Fialová absolvovala 6měsíční zahraniční stáž na univerzitě v Maďarsku. Je spoluautorkou řady abstraktů. Podílela se také na několika projektech. Zúčastnila se rovněž několika konferencí v České republice i v zahraničí. Byla přečteno hodnocení předobhajobové přednášky a také posudek školitelky. Po přečtení posudků byla otevřena diskuze, přičemž doktorandka uspokojivě odpověděla na dotazy z této diskuze. Dotazy jsou uvedeny na dotazních lístcích, které se archivují.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení