but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (místopředseda) doc. Ing. Vladimír Janoušek, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jan Platoš, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " D ". Otázky u obhajoby: V tabulce 5.1 představujete 3 nejhorší predikce nástroje HH-suite. Nicméně predikce ostatních nástrojů pro tyto proteiny vykazují přibližně stejné, nebo ještě horší RMSD. Znamená to tedy, že predikce nástroje HH-suite vykazovaly vždy jedno z nejnižších RMSD? Preferuje meta-prediktor některý z využívaných prediktorů?	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Martínek, Tomáš	cs
dc.contributor.author	Plaga, Michal	cs
dc.contributor.referee	Burgetová, Ivana	cs
dc.date.created	2016	cs
dc.description.abstract	Cílem práce je otestování a porovnání offline nástrojů pro predikci struktury proteinů, a následné vytvoření metaprediktoru, který uživateli umožní vybrat vhodný nástroj, podle nastavených parametrů. Testování nástrojů probíhá na základě sady dat proteinů, která vychází z~databáze SCOP a snaží se být co nejvíce vyvážená aby obsahovala proteiny z~různých rodin a mohla tak co nejlépe ohodnotit jednotlivé nástroje. Výsledkem práce je zjištění požadavků na metaprediktor, jaká data a nastavení musí zpracovávat a umožňovat a jakým způsobem bude implementován.	cs
dc.description.abstract	The goal of this thesis is test and comparation of the offline tools for prediction of protein structure and creation of metaprediktor, which allows the user to select the appropriate tool, according to given parameters. Testing tool is based on a dataset of proteins, which is based on the SCOP database and it is trying to be as balanced as possible to include proteins from different families and thus could best evaluate individual tools. The results of this thesis are requirements of metaprediktor and also which data and settings can be allowed and processed and how it will be implemented.	en
dc.description.mark	D	cs
dc.identifier.citation	PLAGA, M. Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2016.	cs
dc.identifier.other	96323	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/61960
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	Protein	cs
dc.subject	terciární struktura	cs
dc.subject	homologní modelování	cs
dc.subject	threading	cs
dc.subject	de novo	cs
dc.subject	Modeller	cs
dc.subject	I-tasser	cs
dc.subject	Rosseta	cs
dc.subject	HHpred	cs
dc.subject	Prime	cs
dc.subject	Raptorx	cs
dc.subject	PDB	cs
dc.subject	SCOP	cs
dc.subject	x-ray	cs
dc.subject	krystalografie	cs
dc.subject	NRM	cs
dc.subject	RMSD	cs
dc.subject	CASP	cs
dc.subject	metaprediktor	cs
dc.subject	bioinformatika.	cs
dc.subject	Protein	en
dc.subject	tertiary structure	en
dc.subject	homology modeling	en
dc.subject	threading	en
dc.subject	de novo	en
dc.subject	Modeller	en
dc.subject	I-Tasser	en
dc.subject	Rosetta	en
dc.subject	HHpred	en
dc.subject	Prime Raptorx	en
dc.subject	PDB	en
dc.subject	SCOP	en
dc.subject	x-ray crystallography	en
dc.subject	NRM	en
dc.subject	RMSD	en
dc.subject	CASP	en
dc.subject	metaprediktor	en
dc.subject	bioinformatics.	en
dc.title	Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů	cs
dc.title.alternative	Bioinformatics Tool for Protein Structure Prediction	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2016-06-20	cs
dcterms.modified	2020-05-10-16:12:24	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	96323	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.26 15:23:31	en
sync.item.modts	2025.01.15 18:07:58	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů

Files

Original bundle

Collections