Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů
Loading...
Date
Authors
Plaga, Michal
Advisor
Referee
Mark
D
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
ORCID
Abstract
Cílem práce je otestování a porovnání offline nástrojů pro predikci struktury proteinů, a následné vytvoření metaprediktoru, který uživateli umožní vybrat vhodný nástroj, podle nastavených parametrů. Testování nástrojů probíhá na základě sady dat proteinů, která vychází z~databáze SCOP a snaží se být co nejvíce vyvážená aby obsahovala proteiny z~různých rodin a mohla tak co nejlépe ohodnotit jednotlivé nástroje. Výsledkem práce je zjištění požadavků na metaprediktor, jaká data a nastavení musí zpracovávat a umožňovat a jakým způsobem bude implementován.
The goal of this thesis is test and comparation of the offline tools for prediction of protein structure and creation of metaprediktor, which allows the user to select the appropriate tool, according to given parameters. Testing tool is based on a dataset of proteins, which is based on the SCOP database and it is trying to be as balanced as possible to include proteins from different families and thus could best evaluate individual tools. The results of this thesis are requirements of metaprediktor and also which data and settings can be allowed and processed and how it will be implemented.
The goal of this thesis is test and comparation of the offline tools for prediction of protein structure and creation of metaprediktor, which allows the user to select the appropriate tool, according to given parameters. Testing tool is based on a dataset of proteins, which is based on the SCOP database and it is trying to be as balanced as possible to include proteins from different families and thus could best evaluate individual tools. The results of this thesis are requirements of metaprediktor and also which data and settings can be allowed and processed and how it will be implemented.
Description
Keywords
Protein , terciární struktura , homologní modelování , threading , de novo , Modeller , I-tasser , Rosseta , HHpred , Prime , Raptorx , PDB , SCOP , x-ray , krystalografie , NRM , RMSD , CASP , metaprediktor , bioinformatika. , Protein , tertiary structure , homology modeling , threading , de novo , Modeller , I-Tasser , Rosetta , HHpred , Prime Raptorx , PDB , SCOP , x-ray crystallography , NRM , RMSD , CASP , metaprediktor , bioinformatics.
Citation
PLAGA, M. Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2016.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (místopředseda)
doc. Ing. Vladimír Janoušek, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Jan Platoš, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Jaroslav Zendulka, CSc. (člen)
Date of acceptance
2016-06-20
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " D ". Otázky u obhajoby: V tabulce 5.1 představujete 3 nejhorší predikce nástroje HH-suite. Nicméně predikce ostatních nástrojů pro tyto proteiny vykazují přibližně stejné, nebo ještě horší RMSD. Znamená to tedy, že predikce nástroje HH-suite vykazovaly vždy jedno z nejnižších RMSD? Preferuje meta-prediktor některý z využívaných prediktorů?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena