Identifikace a analýza regulonových struktur v Arabidopsis thaliana

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D. (předseda) doc. Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (místopředseda) Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen) Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen) MUDr. Zuzana Nováková, Ph.D. (člen) Ing. Vojtěch Bartoň (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Sedlář se zeptal jaká data jsou použita v CHIP-Seq. Pro který transkripční faktor to je? Proč jsou v matici hodnoty od 0 do 1? Jak byla normalizována data? Studentka neobhájila bakalářskou práci. Chybný způsob řešení praktické části. Komise doporučuje mírně upravit zadání a na základě toho přepracovat práci.cs
but.jazykslovenština (Slovak)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce nebyla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorSchwarzerová, Janask
dc.contributor.authorJanigová, Patríciask
dc.contributor.refereeBartoň, Vojtěchsk
dc.date.created2024cs
dc.description.abstractTáto bakalárska práca sa zameriava na identifikáciu a analýzu regulónových štruktúr v modelovom organizme z rastlinnej ríše Arabidopsis thaliana. V prvej časti sa práca venuje regulácii génovej expresie u eukaryot, technikám odvodzovania transkripčných jednotiek a nástrojom pre analýzu týchto jednotiek. Následne sú detailne popísané laboratórne dáta z Arabidopsis thaliany, vrátane ich prípravy a predspracovania. Ďalšia časť popisuje proces odvodzovania regulónových štruktúr na konkrétnych metódach, ako sú korelačný koeficient a vzájomná informácia. Nasleduje detailný popis vlastného algoritmu na odvodzovanie potenciálnych regulónových štruktúr v Arabidopsis thaliane, ktorý je implementovaný v jazyku Python. V závere bakalárskej práce sú vizualizované a vyhodnotené dosiahnuté výsledky, ktoré sú porovnané s dostupnou literatúrou. Taktiež je podrobne diskutovaná identifikácia potenciálnych regulónov MBF1 a ABI3, čím sa potvrdzuje správnosť a efektívnosť navrhnutého prístupu.sk
dc.description.abstractThis bachelor thesis focuses on the identification and analysis of regulon structures in a model organism from the plant kingdom Arabidopsis thaliana. The first part of the thesis deals with the regulation of gene expression in eukaryotes, techniques for inferring transcriptional units and tools for the analysis of these units. Subsequently, the laboratory data from Arabidopsis thaliana, including their preparation and preprocessing, are described in detail. The next section describes the process of deriving regulons using specific methods such as correlation coefficient and mutual information. This is followed by a detailed description of a custom algorithm for inferring potential regulon structures in Arabidopsis thaliana, which is implemented in Python. In the conclusion of the bachelor thesis, the obtained results are visualized, evaluated and compared with the available literature. The identification of potential MBF1 and ABI3 regulons is also discussed in detail, thus confirming the correctness and efficiency of the proposed approach.en
dc.description.markCcs
dc.identifier.citationJANIGOVÁ, P. Identifikace a analýza regulonových struktur v Arabidopsis thaliana [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.cs
dc.identifier.other159695cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/246785
dc.language.isoskcs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectGénová expresiask
dc.subjectRegulónsk
dc.subjectOperónsk
dc.subjectTranskripčná jednotkask
dc.subjectArabidopsis thalianask
dc.subjectGene expressionen
dc.subjectRegulonen
dc.subjectOperonen
dc.subjectTranscription uniten
dc.subjectArabidopsis thalianaen
dc.titleIdentifikace a analýza regulonových struktur v Arabidopsis thalianask
dc.title.alternativeIdentification and analysis of regulon’s structures in Arabidopsis thalianaen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2024-06-11cs
dcterms.modified2024-08-29-14:40:58cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid159695en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.17 17:19:55en
sync.item.modts2025.01.17 13:05:22en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
2.85 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
file final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
8.34 KB
Format:
Unknown data format
Description:
file appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_159695.html
Size:
8.09 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_159695.html
Download
Collections
2024