Identifikace a analýza regulonových struktur v Arabidopsis thaliana
Loading...
Date
Authors
Janigová, Patrícia
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Táto bakalárska práca sa zameriava na identifikáciu a analýzu regulónových štruktúr v modelovom organizme z rastlinnej ríše Arabidopsis thaliana. V prvej časti sa práca venuje regulácii génovej expresie u eukaryot, technikám odvodzovania transkripčných jednotiek a nástrojom pre analýzu týchto jednotiek. Následne sú detailne popísané laboratórne dáta z Arabidopsis thaliany, vrátane ich prípravy a predspracovania. Ďalšia časť popisuje proces odvodzovania regulónových štruktúr na konkrétnych metódach, ako sú korelačný koeficient a vzájomná informácia. Nasleduje detailný popis vlastného algoritmu na odvodzovanie potenciálnych regulónových štruktúr v Arabidopsis thaliane, ktorý je implementovaný v jazyku Python. V závere bakalárskej práce sú vizualizované a vyhodnotené dosiahnuté výsledky, ktoré sú porovnané s dostupnou literatúrou. Taktiež je podrobne diskutovaná identifikácia potenciálnych regulónov MBF1 a ABI3, čím sa potvrdzuje správnosť a efektívnosť navrhnutého prístupu.
This bachelor thesis focuses on the identification and analysis of regulon structures in a model organism from the plant kingdom Arabidopsis thaliana. The first part of the thesis deals with the regulation of gene expression in eukaryotes, techniques for inferring transcriptional units and tools for the analysis of these units. Subsequently, the laboratory data from Arabidopsis thaliana, including their preparation and preprocessing, are described in detail. The next section describes the process of deriving regulons using specific methods such as correlation coefficient and mutual information. This is followed by a detailed description of a custom algorithm for inferring potential regulon structures in Arabidopsis thaliana, which is implemented in Python. In the conclusion of the bachelor thesis, the obtained results are visualized, evaluated and compared with the available literature. The identification of potential MBF1 and ABI3 regulons is also discussed in detail, thus confirming the correctness and efficiency of the proposed approach.
This bachelor thesis focuses on the identification and analysis of regulon structures in a model organism from the plant kingdom Arabidopsis thaliana. The first part of the thesis deals with the regulation of gene expression in eukaryotes, techniques for inferring transcriptional units and tools for the analysis of these units. Subsequently, the laboratory data from Arabidopsis thaliana, including their preparation and preprocessing, are described in detail. The next section describes the process of deriving regulons using specific methods such as correlation coefficient and mutual information. This is followed by a detailed description of a custom algorithm for inferring potential regulon structures in Arabidopsis thaliana, which is implemented in Python. In the conclusion of the bachelor thesis, the obtained results are visualized, evaluated and compared with the available literature. The identification of potential MBF1 and ABI3 regulons is also discussed in detail, thus confirming the correctness and efficiency of the proposed approach.
Description
Citation
JANIGOVÁ, P. Identifikace a analýza regulonových struktur v Arabidopsis thaliana [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
sk
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D. (předseda)
doc. Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen)
Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)
MUDr. Zuzana Nováková, Ph.D. (člen)
Ing. Vojtěch Bartoň (člen)
Date of acceptance
2024-06-11
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Doc. Sedlář se zeptal jaká data jsou použita v CHIP-Seq. Pro který transkripční faktor to je? Proč jsou v matici hodnoty od 0 do 1? Jak byla normalizována data?
Studentka neobhájila bakalářskou práci.
Chybný způsob řešení praktické části. Komise doporučuje mírně upravit zadání a na základě toho přepracovat práci.
Result of defence
práce nebyla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení