Analýza lokalizace inverzních repetic v bakteriálních genomech
| but.committee | prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda) doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (místopředseda) doc. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen) prof. Ing. Stanislav Kráčmar, DrSc. (člen) doc. Ing. Eva Vítová, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | 1. Student seznámil členy komise s náplní a cílem diplomové práce. 2. Byly přečteny posudky na diplomovou práci. 3. Student akceptoval všechny připomínky oponentky a na všechny otázky odpověděl v plné šíři. Diskuse: prof. Márová: K čemu slouží bakteriím studované repetice? Repetice jsou i za genem? Jakou zde mají repetice funkci? Proč jste se zaměřoval právě na rod Buchnera? doc. Obruča: Podle čeho jste vybíral bakterie, které jste zahrnul do studie? Můžete blíže vysvětlit první prezentovaný boxový graf? Ve studii se zaměřujete na studium inverzních repetice u chloroplastů a mitochondrii. Jaký vliv by mohla mít variabilita těchto repetic u prokaryot a mitochondrií? Existují také studie, které se zaměřují nejen na srovnání repetic z taxonomického hlediska, ale zařazující například i jejich fyziologii? Byla ve studii zařazena i Archea? doc. Vítová: Práce je na vysoké odborné úrovni. Můžete vysvětlit, jak studované repetice souvisí s onemocněními? Student odpověděl na všechny doplňující otázky členů komise, které byly v průběhu diskuze k dané problematice vzneseny. Po diskusi následovalo hodnocení závěrečné práce. Diplomant prokázal výborné odborné znalosti i dobrou schopnost samostatné prezentace dosažených výsledků. | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Chemie a technologie potravin | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Brázda, Václav | cs |
| dc.contributor.author | Šedý, Michal | cs |
| dc.contributor.referee | Zemanová, Jana | cs |
| dc.date.accessioned | 2021-09-11T06:56:28Z | |
| dc.date.available | 2021-09-11T06:56:28Z | |
| dc.date.created | 2021 | cs |
| dc.description.abstract | Inverzní repetice (IR) jsou přirozenou součástí DNA všech známých prokaryotických i eukaryotických organismů. Inverzní repetice mají důležitou roli při regulaci základních buněčných procesů. Jsou zodpovědné za vznik křížových struktur. Inverzní repetice taktéž zapříčiňují genomovou nestabilitu a mohou být zdrojem řady mutací. Křížové struktury mohou být rozeznávány celou řadou DNA vazebných proteinů a také mohou fungovat jako transkripční regulátory. Pomocí nástroje Palindrom analyser byla analyzována frekvence výskytu a lokalizace inverzních repetic v bakteriálních genomech. Frekvence výskytu inverzních repetic napříč bakteriálními genomy vykazuje variabilní charakter. Frekvence výskytu krátkých inverzní repetic vykazuje přibližně kvadratickou závislost na % obsahu GC párů v genomu s minimem okolo 50 % obsahu GC. Lokalizace inverzních repetic vzhledem k funkčním oblastem DNA vykazuje nenáhodný charakter rozložení. Frekvence výskytu IR u většiny sledovaných funkčních oblastí je vyšší „vně“ než „uvnitř“. | cs |
| dc.description.abstract | Inverted repeats (IR) are common part of DNA of all living prokaryotic and eukaryotic organisms. Inverted repeats plays an important role in the regulation of basics cells processes. They are responsible for formation of cruciform structures. Inverted repeats also cause genomic instability and can be a source of numerous mutations. Cruciform structures can be recognized by DNA-binding proteins and can also act as a transcriptional regulators. Using the Palindrome Analyser tool, the frequency of IR and localization of inverted repeats in bacterial genomes was analyzed. The frequency of IR across the bacterial genome is variable. The frequency of short inverted repeats shows an approximately quadratic dependence on the %GC content in the genome with a minimum of about 50% of GC content. The localization of inverted repeats with respect to “annotated features” show a non-random distribution. The frequency of IR for most features is higher “outside” than “inside”. | en |
| dc.description.mark | B | cs |
| dc.identifier.citation | ŠEDÝ, M. Analýza lokalizace inverzních repetic v bakteriálních genomech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2021. | cs |
| dc.identifier.other | 124203 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/201594 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | Inverzní repetice | cs |
| dc.subject | křížové struktury | cs |
| dc.subject | Palindrome analyser | cs |
| dc.subject | protein p53 | cs |
| dc.subject | Inverted repeats | en |
| dc.subject | cruciform structures | en |
| dc.subject | Palindrome analyser | en |
| dc.subject | protein p53 | en |
| dc.title | Analýza lokalizace inverzních repetic v bakteriálních genomech | cs |
| dc.title.alternative | Analyses of inverted repeats localization in bacterial genomes | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | masterThesis | en |
| dc.type.evskp | diplomová práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2021-09-10 | cs |
| dcterms.modified | 2021-09-10-13:09:05 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta chemická | cs |
| sync.item.dbid | 124203 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2021.11.12 17:11:55 | en |
| sync.item.modts | 2021.11.12 16:04:34 | en |
| thesis.discipline | Potravinářská chemie a biotechnologie | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. Ústav chemie potravin a biotechnologií | cs |
| thesis.level | Inženýrský | cs |
| thesis.name | Ing. | cs |